Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,347,778 | G→A | 61.6% | intergenic (‑369/‑306) | yhcC ← / → gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,347,778 | 0 | G | A | 61.6% | 177.4 / 246.4 | 219 | intergenic (‑369/‑306) | yhcC/gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/36); new base A (72/63); total (120/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.62e-01 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTGAG > CP009273/3347630‑3347925 | aTTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATc > 2:3860311/1‑150 (MQ=255) ttACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCa > 1:1278398/1‑150 (MQ=255) tACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCAt > 2:1084538/1‑150 (MQ=255) ccAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCAttt < 2:4087451/150‑1 (MQ=255) ccAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCAttt < 1:1042174/150‑1 (MQ=255) cAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTta < 2:4145601/150‑1 (MQ=255) cAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTta > 2:3927366/1‑150 (MQ=255) aaTTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaa > 1:115057/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATaaa > 2:5190840/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATGTCAGTCATTTAATaaa > 2:3216949/1‑150 (MQ=255) aGGCAGTATAAAAAGCTGGTTTTGTCGACAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAAAACACCTTAATGACAGTCAGGAATAGACAGATTCTCTAACGACTTACATGTTAGACTAAAAGAAAAAATCCAAATTAATTTCAATCAAAAAATAAAg > 2:1542432/1‑150 (MQ=255) ggCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGa > 1:343986/1‑150 (MQ=255) gCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAgga < 1:717688/150‑3 (MQ=255) 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cAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTAc > 1:3731440/1‑150 (MQ=255) cAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTAc > 2:2903374/1‑150 (MQ=255) gTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCa > 1:4297833/1‑150 (MQ=255) gTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCa > 1:1704567/1‑150 (MQ=255) gTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCa > 2:3449034/1‑150 (MQ=255) 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tCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGAATCAGCTTTCCCGATAAGGTGGAAATCCGCTGGAAGCTTGCTGGATGCGCAGCCTGCTCATCATTTTTa > 2:4783433/1‑150 (MQ=255) ccATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTAt < 2:3504674/150‑1 (MQ=255) cATTTTAATTTCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATg > 2:2565203/1‑150 (MQ=255) ttttAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCa > 1:4392841/1‑150 (MQ=255) ttAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGt < 2:816887/150‑1 (MQ=255) 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tttCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCGTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAAtt < 2:4441947/150‑1 (MQ=255) ttCAATCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTg < 2:4280475/150‑1 (MQ=255) | CATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAATTTTGCGCTAAAGCACATTTCTGTACCAATAAGCTTGCCATTTGACCTGTATCAGCTTTCCCGATAAGTTGGAAATCCGCTGGAAGCTTTCTGGATGAGCAGCCTGCTCATCATATTTATGCAGTAATTGAG > CP009273/3347630‑3347925 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |