| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,371,372 | G→T | 11.3% | I65I (ATC→ATA) | rpsI ← | 30S ribosomal subunit protein S9 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,371,372 | 0 | G | T | 11.3% | 918.4 / 74.8 | 274 | I65I (ATC→ATA) | rpsI | 30S ribosomal subunit protein S9 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/116); new base T (17/14); total (144/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TTCTTACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGTTTCACGACCGAAGTACTGTTCCAGAGAACGTTGGTTGATTACGATTTTACCGTTGCCCGGTTTGATGAAAACGCGAGCTGC > CP009273/3371223‑3371521 | ttCTTACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTg > 1:951586/1‑150 (MQ=255)ttCTTACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTg < 1:3151187/150‑1 (MQ=255) cTTACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGAt < 1:3896632/150‑1 (MQ=255) cTTACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGAt < 2:1589643/150‑1 (MQ=255) ttACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATg < 2:2092726/150‑1 (MQ=255) tACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGt > 1:4129069/1‑150 (MQ=255) aCGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGTTCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTa < 2:2566234/150‑1 (MQ=255) aCGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTa > 1:5088149/1‑150 (MQ=255) aCGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTa < 1:1345583/150‑1 (MQ=255) cGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGACAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCTGGTACTCGTCGTATTCGATCAGTGCGCTGGTGATACGGTGAGGGATCGCTTGAGCCTGACCTGTGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTAc < 2:3993588/150‑1 (MQ=255) ttCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAg < 2:179530/150‑1 (MQ=255) cAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGt > 1:4369076/1‑150 (MQ=255) ccTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCa < 2:2222794/150‑1 (MQ=255) gACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGtt > 2:618727/1‑150 (MQ=255) gAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTtct > 1:1442061/1‑150 (MQ=255) aGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTtctc > 1:817103/1‑150 (MQ=255) cACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCa > 2:2908018/1‑150 (MQ=255) cGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATg > 2:3152414/1‑150 (MQ=255) cGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATg < 2:2636052/150‑1 (MQ=255) gTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCg > 1:1388920/1‑150 (MQ=255) aaCGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGAc > 2:1763840/1‑150 (MQ=255) aaCGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGAGACCGTGACGAATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGAc < 2:2950138/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCa > 2:1312535/1‑150 (MQ=255) gAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAg > 1:4185890/1‑150 (MQ=255) aaGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGt > 1:2785515/1‑150 (MQ=255) aaGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGt > 2:1122668/1‑150 (MQ=255) aGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAg > 2:4697604/1‑150 (MQ=255) tttACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTTATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCgg < 1:4014248/150‑1 (MQ=255) tACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCt > 1:3268906/1‑150 (MQ=255) aCGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTTATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTg < 1:307984/150‑1 (MQ=255) aCGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTg < 2:2680886/150‑1 (MQ=255) cGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGa < 2:5155069/150‑1 (MQ=255) cGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGa < 1:3312989/150‑1 (MQ=255) cGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGa < 2:4544104/150‑1 (MQ=255) cAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACg < 1:3775504/150‑1 (MQ=255) cAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACg < 2:2165957/150‑1 (MQ=255) aGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTTATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGa > 2:3386043/1‑150 (MQ=255) gTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTTATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGaa > 1:4211687/1‑150 (MQ=255) 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cTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGt > 2:4511490/1‑150 (MQ=255) cTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGt > 2:2726030/1‑150 (MQ=255) cgtcgtATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGttt > 2:3526420/1‑150 (MQ=255) cgtcgtATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGttt > 1:3403412/1‑150 (MQ=255) gtcgtATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGTTTc > 1:2652941/1‑150 (MQ=255) 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cTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGTTTCACGACCGAAGTACTGTTCCAGAGAACGTTGGTTGATTACGATTTTACCGTTGCCCGGTTTGATGaaaa > 1:2373447/1‑150 (MQ=255) tttAACGGTTATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGTTTCACGACCGAAGTACTGTTCCAGAGAACGTTGGTTGATTACGATTTTACCGTTGCCCGGTTTGATGAAAAc > 2:63588/1‑150 (MQ=255) | TTCTTACGTTCAACCTGACGAGCGTCACGAGTAACGAAGCCAGCTTTACGCAGTTCAGAACGCAGGGACTCGTCGTATTCCATCAGAGCGCGGGTGATACCGTGACGGATCGCACCAGCCTGACCAGAGATACCACCACCTTTAACGGTGATGTACAGGTCCAGTTTCTCAACCATGTCGACCAGTTCCAGCGGCTGACGAACTACCATGCGGGCAGTTTCACGACCGAAGTACTGTTCCAGAGAACGTTGGTTGATTACGATTTTACCGTTGCCCGGTTTGATGAAAACGCGAGCTGC > CP009273/3371223‑3371521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |