| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,411,456 | C→A | 27.9% | P1022Q (CCG→CAG) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,411,456 | 0 | C | A | 27.9% | 460.7 / 179.8 | 228 | P1022Q (CCG→CAG) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/87); new base A (35/29); total (112/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTGTGGGTATCGGGGTAATGGGAGGAATGGTCTCTGCAACGTTGCTGGCAATCTTCTTCGTACCGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCTATAGTTCC > CP009273/3411307‑3411603 | tcCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTGTGGGTATCGGGGTAATGGGAGGAATGGTCTCTGCAACGTTGCTGGCAATCTTCTTCGTAcc < 2:661402/150‑1 (MQ=255) ccTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTGTGGGTATCGGGGTAATGGGAGGAATGGTCTCTGCAACGTTGCGGGCAATCTTCTTCGTACCg < 2:2674874/150‑1 (MQ=255) cTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTGTGGGTATCGGGGTAATGGGAGGACTGGTCTCTGCAACGTTGCTGGCAATCTTCTTCGTACCgg > 1:2956515/1‑150 (MQ=255) 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ttcttcGTACAGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCt > 1:4060021/1‑150 (MQ=255) tcttcGTACCGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCta < 2:3172533/150‑1 (MQ=255) cttcGTACAGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCtat > 2:4033766/1‑150 (MQ=255) cttcGTACAGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCtat > 2:917482/1‑150 (MQ=255) tcGTACCGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCTATAg < 1:2095571/150‑1 (MQ=255) cGTACCGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCTATAGt < 1:2834505/150‑1 (MQ=255) tACCGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTATTATGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCTATAGTTc > 2:3172486/1‑150 (MQ=255) | TCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTGTGGGTATCGGGGTAATGGGAGGAATGGTCTCTGCAACGTTGCTGGCAATCTTCTTCGTACCGGTGTTCTTTGTGGTGATCCGCCGTTGCTTTAAAGGATAAATCAGAAACATAAAGGCGCTTTCGGGTGCCTTTATTATTTCCAGTGAAACCCATAAAAATTAATAAGATATTCTTCTGCTCACTCTTTAAAAGCTTTCTATAGTTCC > CP009273/3411307‑3411603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |