| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,595,522 | C→A | 24.1% | D196Y (GAC→TAC) | ftsE ← | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,595,522 | 0 | C | A | 24.1% | 552.2 / 156.2 | 235 | D196Y (GAC→TAC) | ftsE | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/102); new base A (23/34); total (99/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CCGACCGATTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCAA > CP009273/3595373‑3595671 | ccgaccgaTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTc < 2:2180539/150‑1 (MQ=255)ccgaccgaTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTc < 1:3453187/150‑1 (MQ=255) gaccgaTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGt > 1:3646/1‑150 (MQ=255) gaccgaTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGt < 2:3255664/150‑1 (MQ=255) gaTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGt > 1:4611811/1‑150 (MQ=255) aTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGtt < 2:198788/150‑1 (MQ=255) aTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGtt < 1:2952096/150‑1 (MQ=255) tttACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTg < 1:4912567/150‑1 (MQ=255) tACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGcc < 1:1600942/150‑1 (MQ=255) tACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGcc > 1:1665980/1‑150 (MQ=255) cGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCAt > 1:1611046/1‑150 (MQ=255) cGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCAt < 1:2089354/150‑1 (MQ=255) gAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCa < 1:4250808/150‑1 (MQ=255) aGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAAt > 2:2581555/1‑150 (MQ=255) gCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGAGTGCATCGCGCTTAGTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATa < 2:3192455/150‑1 (MQ=255) cGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATAc < 2:1430855/150‑1 (MQ=255) gATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGCGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACg < 1:3994461/150‑1 (MQ=255) gATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACg < 1:3734342/150‑1 (MQ=255) 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cAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGtt > 1:3427112/1‑150 (MQ=255) aaGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTa > 1:2308772/1‑150 (MQ=255) gcccgccAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCa < 1:774290/150‑1 (MQ=255) ccgccAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAAc < 1:3073761/150‑1 (MQ=255) cgccAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAAcg > 1:3119515/1‑150 (MQ=255) cgccAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAAcg > 1:5103384/1‑150 (MQ=255) cgccAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAAcg > 1:511841/1‑150 (MQ=255) ccAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAAcgcg < 2:4669203/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTa < 1:1269787/150‑1 (MQ=255) gCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAAc > 2:516223/1‑150 (MQ=255) 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aTCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACcgcg < 2:2758793/150‑1 (MQ=255) aTCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACcgcg > 2:4553852/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACcgcg > 2:1469872/1‑150 (MQ=255) cAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACcgcgcg < 2:4107851/150‑1 (MQ=255) cAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACcgcgcg > 1:1813735/1‑150 (MQ=255) gTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGc > 1:1472706/1‑150 (MQ=255) tGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCaa > 2:2944693/1‑150 (MQ=255) gATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAAt < 2:2097576/150‑1 (MQ=255) gATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAAt < 1:1602846/150‑1 (MQ=255) aTGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATg < 1:950180/150‑1 (MQ=255) tCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCa < 2:3733654/150‑1 (MQ=255) cGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCaa > 1:2704901/1‑150 (MQ=255) | CCGACCGATTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCAA > CP009273/3595373‑3595671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |