Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,622,519 | C→A | 14.8% | R127L (CGA→CTA) | rbbA ← | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,622,519 | 0 | C | A | 14.8% | 670.6 / 79.3 | 216 | R127L (CGA→CTA) | rbbA | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/95); new base A (11/21); total (100/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CGTTGTTGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGGGTCG > CP009273/3622371‑3622668 | cGTTCTTGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCTGACGATCGCGAAACGGTGCTATCCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCg < 2:2679073/150‑1 (MQ=255) gttgttGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGc > 2:3950972/1‑150 (MQ=255) gttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACt < 2:1124055/150‑1 (MQ=255) gttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACt < 1:686247/150‑1 (MQ=255) tgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTc > 1:2745294/1‑150 (MQ=255) ggCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTcc < 1:149795/150‑1 (MQ=255) gCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTccc < 2:2075242/150‑1 (MQ=255) gCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTccc > 2:4854446/1‑150 (MQ=255) cTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccg < 2:5088702/150‑1 (MQ=255) catcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgct < 2:3390952/150‑1 (MQ=255) caAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctccg < 2:1069060/150‑1 (MQ=255) gATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCttt > 1:453179/1‑150 (MQ=255) gATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCttt > 2:271033/1‑150 (MQ=255) aTCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCCCGCTCCGCTTTg > 1:1769880/1‑150 (MQ=255) tCAACAGGTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGt < 2:1367212/150‑1 (MQ=255) cAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTc > 2:3257087/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCg > 2:710766/1‑150 (MQ=255) ttCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGAcc < 1:3489151/150‑1 (MQ=255) 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tCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGGGTc < 1:4472278/150‑1 (MQ=255) cGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGGGTcg > 1:1094985/1‑150 (MQ=255) | CGTTGTTGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGGGTCG > CP009273/3622371‑3622668 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |