| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,744,506 | C→A | 27.6% | G241G (GGG→GGT) | yiaT ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,744,506 | 0 | C | A | 27.6% | 455.4 / 173.3 | 223 | G241G (GGG→GGT) | yiaT | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (84/77); new base A (29/33); total (113/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
AAGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGC > CP009273/3744357‑3744655 | aaGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCAcc > 1:564051/1‑150 (MQ=255) tggttttGTACTGCCATATTATCCTTATTCAGTCGCTTGGTTCCCGGTTTGACGATAGCAATCCAGAGCAAAAACGTTTGTGGCTTTACGACGGAGCACCTTCCGCACGGTCATACAGCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACACCGGTg < 2:4865290/145‑1 (MQ=255) gttttGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCTGGTTCCCGTTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGAATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCCCCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACACCGGTGAc < 1:4952288/147‑1 (MQ=255) 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tcATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAAc > 2:1062692/2‑150 (MQ=255) cATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGACTTAAAAACGCCAGCTCACACCGGTGACAAAGGTAAAAct > 2:3896180/1‑150 (MQ=255) aTAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCATAGCAAAAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCCCCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACACCGGTGACAAAGGTAAAActc < 2:4355578/150‑1 (MQ=255) aTAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAActc > 2:1446566/1‑150 (MQ=255) aTAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAActc > 1:2764690/1‑150 (MQ=255) 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aGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCa > 1:1394486/1‑150 (MQ=255) aGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCa > 1:3990475/1‑150 (MQ=255) gCTCACACCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAc < 1:4491383/150‑1 (MQ=255) gCTCACACCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAc < 1:1890250/150‑1 (MQ=255) cTCACACCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATTCGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAcc > 2:3062869/1‑150 (MQ=255) tCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAccc < 2:3023721/150‑1 (MQ=255) cacaCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCGCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCa < 2:949170/150‑1 (MQ=255) cACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTAGCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCa > 2:3461116/1‑150 (MQ=255) aCCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAg < 2:4783280/150‑1 (MQ=255) ccccGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAgg < 2:723927/150‑1 (MQ=255) cccGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGc > 1:4566124/1‑150 (MQ=255) cccGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGc < 2:2483960/150‑1 (MQ=255) | AAGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGC > CP009273/3744357‑3744655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |