| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,827,647 | A→C | 5.8% | L84R (CTC→CGC) | yicI ← | putative alpha‑glucosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,827,647 | 0 | A | C | 5.8% | 746.7 / 30.5 | 225 | L84R (CTC→CGC) | yicI | putative alpha‑glucosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (100/112); new base C (9/4); total (109/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CCTGACTACCGGTAATACGTTCGCCGTTGCGCAGAAAATCCAGTGACCAGAACTCACCTTTGCTGACACGCGCGCTTAAGTTGCCACTTTTAAACTCAGCATAACGTTCTGTGTTTTCGATTGTGACCTTCACGTCCTGCAAAATATTGAGCGGATAATGAGGACCGTTATTCAGCGCCCCCTGAAAATGCTCAATCCGCACACCGACAATACCTTCCTGTGGGGAGAAAAAGCGCAACGTAAATAAAGGCGTATCAAGCTGCCAGGTACGTTCACGCACATCACGGGGGGCAGCA > CP009273/3827498‑3827793 | ccTGACTACCGGTAATTCGTTCGCCGTTGCGCAGAAAATCCAGTGACCAGAACTCACCTTTGCTGACACGCGCGCTTAAGTTGCCACTTTTAAACTCAGCATAACGTTCTGTGTTTTCGATTGTGACCTTCACGTCCTGCAAAATATTGa < 1:5192926/150‑1 (MQ=255) tGACTACCGGTAATACGTTCGCCGTTGCGCAGAAAATCCAGTGACCAGAACTCACCTTTGCTGACACGCGCGCTTAAGTTGCCACTTTTAAACTCAGCATAACGTTCTGTGTTTTCGATTGTGACCTTCACGTCCTGCAAAATATTGAGc > 1:3212933/1‑150 (MQ=255) aCCGGTAATACGTTCGCCGTTGCGCAGAAAATCCAGTGACCAGAACTCACCTTTGCTGACACGCGCGCTTAAGTTGCCACTTTTAAACTCAGCATAACGTTCTGTGTTTTCGATTGTGACCTTCACGTCCTGCAAAATATTGAGCGGATa > 1:4352620/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |