| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,837,177 | C→T | 13.5% | intergenic (‑28/‑147) | yicO ← / → ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,837,177 | 0 | C | T | 13.5% | 555.3 / 64.8 | 207 | intergenic (‑28/‑147) | yicO/ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/96); new base T (18/10); total (101/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
AAAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATAT > CP009273/3837028‑3837325 | aatgTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGTTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCt < 1:605678/147‑1 (MQ=255) aaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTTTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGATTAAATAATAGCGAAAGCGTCCCAGAATCATTACACACGTAATCGGTCTTGTCATTAAACATTTTTTAGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCtt > 1:2587589/1‑150 (MQ=255) aaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATTCCtt > 1:2587011/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |