Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,888,527 | G→T | 10.9% | L172L (CTG→CTT) | chrR → | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,888,527 | 0 | G | T | 10.9% | 705.2 / 51.1 | 210 | L172L (CTG→CTT) | chrR | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (76/111); new base T (10/13); total (86/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGC > CP009273/3888381‑3888676 | cgcgcTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCg < 1:3410805/150‑1 (MQ=255) cgcTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCggg < 2:2437674/150‑1 (MQ=255) gcTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGc < 2:189970/150‑1 (MQ=255) tGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTCCGCTGGACCACCTTACCGGGCaa > 2:341835/1‑150 (MQ=255) tGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCaa > 1:3307106/1‑150 (MQ=255) gTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAAt < 2:2972632/150‑1 (MQ=255) tCAGTCTCACCTGCGCCAGAGTCTGGTGTTCCTCGATGGAATGGTGATGAACTAGCCGGTATTGATGGTCGGCGTGATTCTGTACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAAtt < 1:439828/150‑1 (MQ=255) cAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTg < 2:899946/150‑1 (MQ=255) cAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTg > 2:2410275/1‑150 (MQ=255) gTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGAc > 2:787815/1‑150 (MQ=255) tATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGAcc < 2:2601304/150‑1 (MQ=255) aTCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCg > 2:2017494/1‑150 (MQ=255) cACCTGCGCCAGATTCTGGTTGTCCTCGATGCAATGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCa < 2:3063601/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |