| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 289,058 | C→T | 7.7% | G191E (GGA→GAA) | yagL ← | CP4‑6 prophage; DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 289,058 | 0 | C | T | 7.7% | 557.4 / 26.4 | 183 | G191E (GGA→GAA) | yagL | CP4‑6 prophage; DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (92/75); new base T (5/9); total (99/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
CTCTGCAATTAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGATGGTAGCTG > CP009273/288910‑289207 | ctctGCAATTAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTcc < 1:1820564/150‑1 (MQ=255) ctGCAATTAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCcct < 2:1288813/150‑1 (MQ=255) tGCAATTAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCcctc > 2:1651495/1‑150 (MQ=255) aaTTAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCtt > 2:3664703/1‑150 (MQ=255) aTTAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTTGTATAACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCttt > 1:4835408/1‑150 (MQ=255) ttAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTc < 1:627958/150‑1 (MQ=255) aGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGt < 2:2824526/150‑1 (MQ=255) tCTGGAATTTACCGTTGATTCCGTTATTTCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAAATGTTTCTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTTTTGTGATATCACGTAGGTATTTGCTTCCCTCCTTTAGTCCTa < 2:1559628/150‑1 (MQ=255) cTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTaa > 2:1040647/1‑150 (MQ=255) gAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAAttt > 1:5067887/1‑150 (MQ=255) aaTTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAAtttt > 2:4564101/1‑150 (MQ=255) ttAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAAtttttt > 1:720715/1‑150 (MQ=255) aCCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCtt < 2:3522330/150‑1 (MQ=255) cGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCGTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTaa < 2:26080/150‑1 (MQ=255) gatTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACAtc < 1:4836744/150‑2 (MQ=255) ttCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTc > 2:2978859/1‑150 (MQ=255) ttCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTc > 2:4992241/1‑150 (MQ=255) tCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCg < 1:2027072/150‑1 (MQ=255) tCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCg < 1:5192074/150‑1 (MQ=255) tCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCg < 1:5191658/150‑1 (MQ=255) tCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCg > 2:665152/1‑150 (MQ=255) tCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCg < 2:711405/150‑1 (MQ=255) cGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGat < 2:3840394/150‑1 (MQ=255) gTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCGTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGata > 2:964007/1‑150 (MQ=255) aTTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATATCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCATTCGTCCTAATTTTTTATTAACATGTCGatatag > 1:557697/1‑148 (MQ=255) ttCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCgg < 1:4039716/150‑1 (MQ=255) ttCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAAATGATACTCAATTTCTTTGCAATCTAAGCCTGAGTAAATCCACCTTTGTTTAGTATTTTGTTATAAAGTCGGTTTTTGGTTACCTCCTTTAGTCCTAATTTTTTGTTTAAATGTAGATTTCgg > 1:4814581/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCATTCTTAAGTATTTTGATATCACGTCGGTATTTTCTTCCCTACTTTAGTGCAAATTTTTTGTTAAACTGTCGATATAgggatt > 1:4047232/1‑146 (MQ=255) gTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCACTCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCtttt > 1:2497768/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTa < 1:3743956/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAAAATGTCGATATCGGCTTTTAg > 1:4523930/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGt < 1:4170385/150‑1 (MQ=255) ccGCTTCACAGTCGATAAACTGATACACAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAAACCACCTTTCTTAAGTATTTTTATATAACGTAGGTATTTGCTTCCCGCCATTAGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGt > 1:1129777/1‑150 (MQ=255) cTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGa > 2:4247565/1‑150 (MQ=255) acaGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCACAGCCAGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCAAGTCGGTATTTGCTTCCCGCCTTTAGTCCTAATTTTTTATTAACATGTCGATATAGGCATTTAGTTTAttta > 1:2172760/1‑149 (MQ=255) aGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAg < 1:1819306/150‑1 (MQ=255) gTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGa > 1:3840485/1‑150 (MQ=255) tCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGAt < 2:3826832/150‑1 (MQ=255) aTAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTATTTGATTTCAGATtgt > 1:2891992/1‑150 (MQ=255) aaaCTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTAAGATTGTGa > 2:2184299/1‑150 (MQ=255) aCTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAAt < 2:2063043/150‑1 (MQ=255) aCTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAAt < 1:2364870/150‑1 (MQ=255) aCTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAAt < 1:1865526/150‑1 (MQ=255) tGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGt > 2:2668831/1‑150 (MQ=255) aTACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCa > 2:2982571/1‑150 (MQ=255) aCTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAAt > 1:4704429/1‑150 (MQ=255) aCTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAAt > 1:2119046/1‑150 (MQ=255) aCTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAAt > 1:4936337/1‑150 (MQ=255) cAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGt > 2:1347482/1‑150 (MQ=255) aaTTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTa > 1:3086843/1‑150 (MQ=255) aaTTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTa > 2:2951242/1‑150 (MQ=255) aaTTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGGCCTAATTTTTTCTAAACATGTAGAAATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTa > 2:4203870/1‑150 (MQ=255) tttCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATc < 2:4174440/150‑1 (MQ=255) cTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTg < 2:2077719/150‑1 (MQ=255) tttGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGa > 1:277648/1‑150 (MQ=255) ttGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGAc < 1:267185/150‑1 (MQ=255) ttGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGAc < 1:4992241/150‑1 (MQ=255) ttGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGAc < 1:2429773/150‑1 (MQ=255) ttGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGAc < 2:2031300/150‑1 (MQ=255) tGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACg > 1:4192762/1‑150 (MQ=255) tGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACg > 2:5175235/1‑150 (MQ=255) gCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGa > 1:4309801/1‑150 (MQ=255) cAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAg > 1:1328665/1‑150 (MQ=255) aaTCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGc < 2:2328220/150‑1 (MQ=255) aTCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCa < 2:1129777/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGAGTAAATCCACCCTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCa > 2:4262497/1‑150 (MQ=255) gCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCaaa > 1:3328457/1‑150 (MQ=255) tGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCaaaaaa > 1:631173/1‑150 (MQ=255) gTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGAc < 1:4277097/150‑1 (MQ=255) aaTCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAg < 1:1040647/150‑1 (MQ=255) ccACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCaa < 1:1459300/150‑1 (MQ=255) ccACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCaa < 2:3342497/150‑1 (MQ=255) aCCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACt < 2:277648/150‑1 (MQ=255) cTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCGTCCCTCCTGTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACttt < 2:4215485/150‑1 (MQ=255) tttCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTc < 2:361923/150‑1 (MQ=255) tCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTcag < 2:1640118/150‑1 (MQ=255) cTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTcagc < 1:347826/150‑1 (MQ=255) tAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTcagcag > 2:2511545/1‑150 (MQ=255) tAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTcagcag > 2:3316380/1‑150 (MQ=255) aggaTTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTTCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATAGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATAGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAAAATTCAGCAGaa > 1:2279674/4‑150 (MQ=255) aTTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGc < 1:791800/150‑1 (MQ=255) gtgATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGAAGAAGGctct > 1:3958471/1‑150 (MQ=255) gATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTAt > 2:3000118/1‑150 (MQ=255) atatCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATc > 2:4077508/1‑150 (MQ=255) cACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTg > 1:1202257/1‑150 (MQ=255) cACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTg > 2:4827798/1‑150 (MQ=255) cACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTg < 2:851074/150‑1 (MQ=255) cACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTg > 1:3656151/1‑150 (MQ=255) cGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGaa < 2:1720803/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTGTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGaa < 1:2416554/150‑1 (MQ=255) cGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCt > 2:4136102/1‑150 (MQ=255) ggTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTg > 1:3058190/1‑150 (MQ=255) gTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTgg > 1:4054793/1‑150 (MQ=255) tATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGACGGCTCTATCCTTGAAGCTGGa > 2:3178236/1‑150 (MQ=255) aTTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGAt > 1:4425884/1‑150 (MQ=255) aTTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGAt > 2:4682307/1‑150 (MQ=255) tttGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGATg > 1:1874437/1‑150 (MQ=255) gCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGATGGTa < 1:4413535/150‑1 (MQ=255) cccTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGATGGTAGCTg < 1:5135296/150‑1 (MQ=255) cccTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGATGGTAGCTg < 1:3740222/150‑1 (MQ=255) | CTCTGCAATTAGCTTCTGGAATTAACCGATGATTCCGTTATTCCAGTGCCGCTTCACAGTCGATAAACTGATACTCAATTTCTTTGCAATCTCAGCCTGAGTAAATCCACCTTTCTTAAGTATTGTGATATCACGTCGGTATTTGCTTCCCTCCTTTCGTCCTAATTTTTTCTTAACATGTCGATATCGGCTTTTAGTTGATTTCAGATTGTGAATGTCAATCGTATCCTGACGAGCAATCAAAAAAGACAAGCAACTTTCAGCAGAAGGCTCTATCCTTGAAGCTGGATGGTAGCTG > CP009273/288910‑289207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |