| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,926,774 | G→T | 11.2% | D22Y (GAT→TAT) | rbsD → | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,926,774 | 0 | G | T | 11.2% | 679.8 / 51.6 | 211 | D22Y (GAT→TAT) | rbsD | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (99/86); new base T (12/12); total (113/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CATTTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAA > CP009273/3926626‑3926923 | caTTGCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGa < 2:3329041/150‑1 (MQ=255)caTGTCCGTAACGTCACGATGGTTTTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGATGATCTCCCGTCTGGGACATACCGa < 1:441466/150‑1 (MQ=255) aTTTCCGTAACGTCACGATGGTTGTCCCAACTCAGTCAGGATTAAACTGTGGGTCAGCGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCCTTCTGAATTCTGATATTTCATCGGTGATATCCCGTCGGGGACAAACCGAt > 2:1385170/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |