Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,966,854 | C→A | 33.2% | R325S (CGT→AGT) | rffG → | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,966,854 | 0 | C | A | 33.2% | 385.3 / 249.2 | 250 | R325S (CGT→AGT) | rffG | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/86); new base A (50/33); total (131/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.28e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CGAACAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCGGC > CP009273/3966705‑3967000 | gAACAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCg > 1:2990638/1‑150 (MQ=255) gAACAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCg > 2:3749597/1‑150 (MQ=255) aCAATCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCAACTATGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGACATTTATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCAGCAGGAAACCATTGAAAGTGGAATGCGTa > 2:669479/1‑150 (MQ=255) aCAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTa > 1:4677230/1‑150 (MQ=255) aGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTaaaa > 1:667212/1‑150 (MQ=255) gCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTNGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAAc < 1:4786317/150‑1 (MQ=255) ccGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACg < 2:71389/150‑1 (MQ=255) cGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACgg < 1:3944550/150‑1 (MQ=255) 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gCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAgg < 1:26776/150‑1 (MQ=255) gCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGtat > 1:361840/1‑150 (MQ=255) gCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAAGGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGtat < 2:2510264/150‑1 (MQ=255) cAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGAGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGtatt < 1:138783/150‑1 (MQ=255) ggAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGtattat < 2:4348039/150‑1 (MQ=255) 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gAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCGAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCg > 2:3586702/1‑150 (MQ=255) aTGCGTAAAACGGTTCAGTGGTCTCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCACACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTGCCGGc > 1:909152/1‑150 (MQ=255) | CGAACAAGCCGCACGGCGTGGCGCACTATCGTGACCTGATCACCTTTGTCGCTGACCGTCCGGGGCATGATCTGCGTTATGCCATTGATGCTTCGAAAATTGCCCGTGAACTTGGCTGGCTGCCGCAGGAAACCTTTGAAAGTGGAATGCGTAAAACGGTTCAGTGGTATCTGGCTAATGAAAGCTGGTGGAAGCAGGTGCAGGACGGCAGCTATCAGGGCGAGCGTTTAGGTCTGAAAGGCTAATTTTCAGCGGAGGCAAACATGAAAGGTATTATCCTGGCGGGCGGTTCCGGC > CP009273/3966705‑3967000 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |