| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,079,023 | A→G | 5.1% | S54P (TCC→CCC) | fdoG ← | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,079,023 | 0 | A | G | 5.1% | 859.0 / 21.4 | 255 | S54P (TCC→CCC) | fdoG | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (126/116); new base G (4/9); total (130/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GTGGATGAAATCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCTGGGTGCAAAACCCAGTGCCGCTGCCGTGGTGCCTGCCATACCGCCAGCGCAGATCTTAAAGAACTGCCTTCTGC > CP009273/4078874‑4079172 | gTGGATGAAATCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGGACATCAACAGCCCACAGCCTACGGa > 2:4430120/1‑150 (MQ=255) tGGATGAAATCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGaa > 1:3607995/1‑150 (MQ=255) ggATGAAATCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAAc < 2:4320160/150‑1 (MQ=255) taaaTCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTGGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGACGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATa < 1:3523862/149‑1 (MQ=255) aaaTCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGGACAATAg < 1:2043422/150‑1 (MQ=255) aaTCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAgg > 1:523919/1‑150 (MQ=255) tCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTg < 1:3141083/150‑1 (MQ=255) tCCACCAGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTg < 2:5006642/150‑1 (MQ=255) tCCACCAGGCCAGCGCCTGTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTg < 2:5006706/150‑1 (MQ=255) ccaGGCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAgg < 2:2246360/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGtct > 2:2902755/1‑148 (MQ=255) ggCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTAt < 1:2829727/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTAtt < 2:4793946/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACg > 2:4170215/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACgg < 1:3432973/150‑1 (MQ=255) gcCTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGt > 1:1515447/1‑150 (MQ=255) cTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGttt < 1:2150010/150‑1 (MQ=255) cTTTCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGttt > 1:1992123/1‑150 (MQ=255) tttCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTc < 1:1059093/150‑1 (MQ=255) tttCGGACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTc < 1:2746006/150‑1 (MQ=255) ggACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCgg < 1:4389530/150‑1 (MQ=255) gACAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCggg > 2:3110764/1‑150 (MQ=255) cAAAGTGCACCGCGGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTg < 2:4808379/150‑1 (MQ=255) 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cgcgGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGtt > 1:1297900/1‑150 (MQ=255) gcgGTTGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGttt < 1:4428923/150‑1 (MQ=255) tGACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACt > 1:782690/1‑150 (MQ=255) gACCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTg > 1:4401081/1‑150 (MQ=255) aCCGGGTGATCCGGATCGCCTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGc < 1:5141095/150‑1 (MQ=255) 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ccTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCt > 2:1446458/1‑150 (MQ=255) ccTTCGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCt < 1:3798575/150‑1 (MQ=255) cGATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGc < 2:2777996/150‑1 (MQ=255) gATATGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCt < 1:401818/150‑1 (MQ=255) atatGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCTg > 2:3866161/1‑150 (MQ=255) atatGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCTg > 1:1253276/1‑150 (MQ=255) atatGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCTg < 1:3282377/150‑1 (MQ=255) tatGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCTgg > 1:528368/1‑150 (MQ=255) atGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCTggg < 2:4614682/150‑1 (MQ=255) tGGAAGATAGATGCTTTGGCGTTTTTTGCTCCGTCACCGAGGCTGTACATCAACAGCCCACAGCCTACGGAACAATAGGTGCAGGTATTACGGGTTTCGCGGGTGCGCAGCAGTTTATACTGCCGGGTTTCCGCGAGTGCTACGCTGGGt > 1:4944700/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |