| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,271,025 | T→A | 13.0% | I373N (ATC→AAC) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,271,025 | 0 | T | A | 13.0% | 629.5 / 71.0 | 200 | I373N (ATC→AAC) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/82); new base A (15/11); total (107/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACA > CP009273/4270876‑4271174 | atatGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGAt > 1:2764831/1‑150 (MQ=255)atatGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGAt > 2:4057486/1‑150 (MQ=255) atGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCa > 2:554929/1‑150 (MQ=255) tGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCAc < 2:4286840/150‑1 (MQ=255) tGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCAc > 2:2255014/1‑150 (MQ=255) cggcgCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCActc > 1:1809523/1‑150 (MQ=255) tGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCg > 2:3864609/1‑150 (MQ=255) tGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCg > 2:4069935/1‑150 (MQ=255) 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tttCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGAt < 1:2385028/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGt < 2:881947/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGt < 1:1596683/150‑1 (MQ=255) ggggTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTCTGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCt > 1:4005622/1‑150 (MQ=255) ggggTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCt > 1:993525/1‑150 (MQ=255) ggggTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGGGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCGGGTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCt > 1:1164393/1‑150 (MQ=255) ggggTGCGTGGGGCGAACACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCt > 1:3452450/1‑150 (MQ=255) gTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTAtt > 2:304904/1‑150 (MQ=255) tGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTc < 2:2624058/150‑1 (MQ=255) gCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGCTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCt < 2:4634281/150‑1 (MQ=255) cGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTg < 1:784391/150‑1 (MQ=255) gTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGc > 2:3811815/1‑150 (MQ=255) gCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTacaa > 1:1387218/1‑150 (MQ=255) gATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGGGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTacaaca > 1:4437330/1‑150 (MQ=255) gATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTacaaca > 1:466720/1‑150 (MQ=255) gATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTacaaca > 1:470248/1‑150 (MQ=255) aTCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAacac < 1:1637247/150‑1 (MQ=255) | ATATGCGGCGCTGATGCTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGGCTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACA > CP009273/4270876‑4271174 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |