Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 327,515 | G→T | 24.0% | intergenic (+308/‑567) | betT → / → yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 327,515 | 0 | G | T | 24.0% | 540.9 / 145.9 | 230 | intergenic (+308/‑567) | betT/yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/81); new base T (24/32); total (117/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TTGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTGTGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGACAGGCATAGAGTAATGATACGTATGCATAACCAACATCTTTA > CP009273/327366‑327664 | ttGGGCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCtgtg > 1:4803103/1‑150 (MQ=255) gggCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCtgtgtg < 2:1188121/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCtgtgtgtg > 1:2883805/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |