| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,469,550 | G→A | 85.7% | A2T (GCT→ACT) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,469,550 | 0 | G | A | 85.7% | 667.3 / 84.3 | 251 | A2T (GCT→ACT) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/24); new base A (113/102); total (125/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CTCTTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAATG > CP009273/4469404‑4469695 | cttcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCaa > 1:4906251/1‑150 (MQ=255) cttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGtt < 2:5107739/150‑1 (MQ=255) cttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGtt > 2:2764953/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |