| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,558,657 | 0 | G | T | 6.1% | 829.4 / 27.0 | 237 | intergenic (‑321/‑158) | mdtM/yjiP | multidrug efflux system protein/pseudogene, transposase_31 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/111); new base T (6/9); total (117/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CAGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTT‑GCGGTTAATCAAAAGAGCGCGGTGGAAAGGGGAATATCTGCCGGGTACAGGACATGTAAAACGCGAGCTTGTTTCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTGAT > CP009273/4558510‑4558806 | cAGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTT‑GCGGTTAATCAAAAGAGCGCGGTGGAAAGGGGAATATCTGCCGGGTACAGGAc > 1:5167647/1‑150 (MQ=255) aGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTT‑GCGGTTAATCAAAAGAGCGCGGTGGAAAGGGGAATATCTGCCGGGTACAGGACa < 2:4576324/150‑1 (MQ=255) aGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTT‑GCGGTTAATCAAAAGAGCGCGGTGGAAAGGGGAATATCTGCCGGGTACAGGACa < 2:3595251/150‑1 (MQ=255) 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gTACAGGACATGTAAAACGCGAGCTTGTTTCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACa < 1:3647511/150‑1 (MQ=255) aGGACATGTAAAACGCGAGCTTGTTTCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTg < 1:966197/150‑1 (MQ=255) | CAGAATGTATAACGATTACAAATAGTCATCAGCACATTACACCTCTTGAATTGATGGGTTGCATAGAAAATATACACCTTAAGTGTAATTAAAATTT‑GCGGTTAATCAAAAGAGCGCGGTGGAAAGGGGAATATCTGCCGGGTACAGGACATGTAAAACGCGAGCTTGTTTCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTGAT > CP009273/4558510‑4558806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |