| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 380,508 | C→T | 6.6% | intergenic (‑436/‑180) | yaiS ← / → tauA | putative PIG‑L family deacetylase/taurine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 380,508 | 0 | C | T | 6.6% | 774.3 / 29.9 | 241 | intergenic (‑436/‑180) | yaiS/tauA | putative PIG‑L family deacetylase/taurine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/144); new base T (9/7); total (90/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TTGTTTATATACATTATGTGAATGTAATATGCGAGTGATTGAGAATGATACAGTGATATATACAATGCGAATATAATAGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGAAGTGTAGTAATTTTCCCAATTGTTAGAACGGAGTAATTGCATATTTAATCTTTCCTTAGCCGTTTTTTTGCTAAGAATAAAATCATCTGTGCGATAACGACTAATTCTTTTAATGAATGTTTTTATTCCTGAATACTGC > CP009273/380359‑380657 | gTTTATATACATTATGTGAATGTAATATGCGAGTGATTGAGAATGATTCAGTGATATATACAATGCGTATATAATTGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCTTAATGTGGTTGTTTATGCATCAc < 2:5037153/150‑1 (MQ=255) tttATATACATTATGTGAATGTAATATGCGAGTGATTGAGAATGATACAGTGATATATACAATGCGAATATAATAGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACt < 2:1298724/150‑1 (MQ=255) cATTATGTGAATGTAATATGCGAGTGATTGAGAATGATACAGTGATATATACAATGCGAATATAATAGTTTTATTATATGTATTGATATTGATAGAAATAATGAAGTAATAAATCTCGTAATGTGGTTGTTTATGCATCACTAAAATGaa > 2:577495/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |