| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 424,725 | A→C | 6.2% | A541A (GCA→GCC) | secD → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 424,725 | 0 | A | C | 6.2% | 711.9 / 31.5 | 219 | A541A (GCA→GCC) | secD | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (104/101); new base C (10/4); total (114/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGCAGTGGGTACCGGGGCAATTAAAGGGTTCGCGATTACTACCGGTATCGGTGTGGCGACGTCGATGTT > CP009273/424577‑424874 | gCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCaa > 2:3015662/1‑150 (MQ=255) cATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAAt < 1:270517/150‑1 (MQ=255) nttATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAAtt > 1:2137932/2‑150 (MQ=255) ttATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATtg > 2:3208656/1‑150 (MQ=255) aTGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATtgat < 2:2200639/150‑1 (MQ=255) aTGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATtgat < 1:1594327/150‑1 (MQ=255) tGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCACTtgatg > 2:4017060/1‑150 (MQ=255) gTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATtgatga < 2:4946292/150‑1 (MQ=255) cGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAg > 1:774396/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTa > 2:4388617/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTa < 1:2254110/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCg < 1:4686646/150‑1 (MQ=255) ggCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGgc < 2:4842375/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |