Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 533,530 | G→T | 8.7% | D148Y (GAT→TAT) | ybbW → | putative allantoin transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 533,530 | 0 | G | T | 8.7% | 827.4 / 46.6 | 241 | D148Y (GAT→TAT) | ybbW | putative allantoin transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/129); new base T (10/11); total (101/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGT > CP009273/533381‑533679 | cttACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGgtggtg < 1:2551462/150‑1 (MQ=255) tACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGAt > 2:593029/1‑150 (MQ=255) cGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGAttt < 2:1820583/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |