| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,587,029:1 | +G | 94.0% | coding (101/699 nt) | ypfH ← | palmitoyl‑CoA esterase activity, uncertain physiological substrate |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,587,029 | 1 | . | G | 94.0% | 1196.8 / 71.8 | 318 | coding (101/699 nt) | ypfH | palmitoyl‑CoA esterase activity, uncertain physiological substrate |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/13); new base G (107/192); total (113/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
TGATCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACT > CP009273/2586880‑2587172 | tGATCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTAttt < 1:3542170/150‑1 (MQ=255) gATCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTAtttg > 2:2182487/1‑149 (MQ=255) aTCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑cc < 1:3924659/150‑1 (MQ=255) tCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑gcc > 1:3287790/1‑150 (MQ=255) cGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑gccc < 2:3075377/150‑1 (MQ=255) gCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑gcccc < 1:36716/150‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTg < 1:933064/150‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTg < 1:4377999/150‑1 (MQ=255) cacGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCa > 2:2223047/1‑150 (MQ=255) acGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCa < 2:698003/150‑1 (MQ=255) cgcgCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCAc < 2:2345925/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCAcc > 2:285387/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCggg < 2:1219887/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCggg > 1:1434921/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGt > 2:2024005/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGt < 2:3777427/150‑1 (MQ=255) tGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGtt < 1:1056037/150‑1 (MQ=255) ggCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTa < 1:1943152/150‑1 (MQ=255) cGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATc > 2:627060/1‑150 (MQ=255) gATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcc < 2:4173771/150‑1 (MQ=255) gATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGACGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATcc < 1:4322097/150‑1 (MQ=255) tttATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATccc < 1:976508/149‑1 (MQ=255) tCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGac > 2:1701787/1‑150 (MQ=255) tCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGac > 2:4078566/1‑150 (MQ=255) tCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACAcc > 2:1771050/1‑150 (MQ=255) tCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACAcc < 2:3129417/150‑1 (MQ=255) tCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACAcc > 1:2545986/1‑150 (MQ=255) aaTACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGa < 1:268938/150‑1 (MQ=255) 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aaaCCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACt < 1:747796/150‑1 (MQ=255) aaCCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTg > 1:1417568/1‑150 (MQ=255) ccACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGtt < 1:45536/150‑1 (MQ=255) ccACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGtt < 2:3708727/150‑1 (MQ=255) cACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTg < 1:4632530/150‑1 (MQ=255) 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ccccGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGtt < 2:1959348/150‑1 (MQ=255) ccccGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGtt < 2:4343013/150‑1 (MQ=255) cccGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGttt < 1:617172/150‑1 (MQ=255) gccgGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATc < 2:1420289/150‑1 (MQ=255) gccgGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATc < 1:4681474/150‑1 (MQ=255) 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ccaccaGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCg < 1:542340/150‑1 (MQ=255) aGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTc < 1:2259675/150‑1 (MQ=255) cgcATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCt > 1:430310/1‑150 (MQ=255) gcATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCtt > 1:2676053/1‑150 (MQ=255) aTCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTaa > 2:244129/1‑150 (MQ=255) 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ggTGCAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTaa > 1:2945447/1‑150 (MQ=255) cAAACCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAAtttt < 1:1719237/150‑1 (MQ=255) aaCCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTAc < 1:3192226/150‑1 (MQ=255) aCCAGTTGCCTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTAcg > 1:3603628/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTAcgcc < 1:2744076/150‑1 (MQ=255) 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cTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACt < 1:2338085/150‑1 (MQ=255) cTATTTGCCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACt < 1:1852248/150‑1 (MQ=255) | TGATCGCATCCACACGCGCCTGGCGATTATCTTCCGTAATACCCTGCACCGAAAACCACTGACGCCCCGCCGGATTACCGCTCGGCTCCGCGCCACCGACACTCACCACCAGCGCATCAGGAAACAGCGGTGCAAACCAGTTGCCTATTT‑CCCCCATTGCCACCGGGTTATCCCCGACACCGTGGAAAAGCAGTAACAACTGTTGCGCAGGTTTATCCGGGCTTTGAACAACAAAATGGTCATGTTTCATGGCGAACTCCTTAACTGATGTCATTAATTTTACGCCGCTGACT > CP009273/2586880‑2587172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |