| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 61,087 | G→T | 7.8% | I726I (ATC→ATA) | rapA ← | RNA polymerase remodeling/recycling factor ATPase; RNA polymerase‑associated, ATP‑dependent RNA translocase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 61,087 | 0 | G | T | 7.8% | 1107.2 / 50.0 | 296 | I726I (ATC→ATA) | rapA | RNA polymerase remodeling/recycling factor ATPase; RNA polymerase‑associated, ATP‑dependent RNA translocase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/137); new base T (9/14); total (145/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
AACTGTGCATCTTCACGCGCCAGCGCCACTTCACGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGATAATATCGAACAGGTTCATGGCGAAGGCGATCAGGTTGGTATCGTCATCCTGCTCTTCAATGCTTTCTGCCAGTGCCTGGGCTTTTTCGCCACCGTTGGAGTGGATTTCCAGCAGGCGGTCACGACCCTGTTCCAGCTGTGCTTTCAG > CP009273/60938‑61236 | aaCTGTGCATCTTCACGCGCCAGCGCCACTTCACGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCg > 2:3708402/1‑150 (MQ=255) cTGTGCATCTTCACGCGCCAGCGCCACTTCACGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGat > 1:3459253/1‑150 (MQ=255) cTGTGCATCTTCACGCGCCAGCGCCACTTCACGATCAAAGGTGATGGTGATGCCATCTTCCGACAGGCCAGGGAAGTCCGGCACCAGCATATGATCGGACGGCGTCAGCACGATCATGTTGTCGCCGCGATCGTCCTGATTGATACCGat < 2:1961752/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |