| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 745,893 | G→T | 6.0% | S578* (TCG→TAG) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 745,893 | 0 | G | T | 6.0% | 1200.3 / 36.4 | 315 | S578* (TCG→TAG) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (138/158); new base T (12/7); total (150/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
TGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGAAATCGA > CP009273/745744‑746041 | tGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACg > 1:1547167/1‑150 (MQ=255) ggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTTCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACAt > 1:2434345/1‑150 (MQ=255) ggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACAt > 2:3644043/1‑150 (MQ=255) cATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGc > 2:2334427/1‑150 (MQ=255) ccAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATg > 2:1082050/1‑150 (MQ=255) aGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGt < 2:1640507/150‑1 (MQ=255) gAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTg > 2:4701955/1‑150 (MQ=255) gAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTg < 1:2104638/150‑1 (MQ=255) aaaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGc > 1:3072624/1‑150 (MQ=255) aaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCt < 2:2045495/150‑1 (MQ=255) aaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCt < 2:898009/150‑1 (MQ=255) atCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCtgtg > 1:2947912/1‑150 (MQ=255) tCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTgg > 1:1747756/1‑150 (MQ=255) cccACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCAGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGc > 2:2221507/1‑150 (MQ=255) ccACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCt < 2:1898055/150‑1 (MQ=255) ccACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCt < 2:2721212/150‑1 (MQ=255) ccACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCt > 2:2508588/1‑150 (MQ=255) aCTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACTACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTAc > 2:1998320/1‑150 (MQ=255) aCTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTAc > 1:506798/1‑150 (MQ=255) cTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACt < 1:4342309/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTg < 2:4607645/150‑1 (MQ=255) cACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGt < 1:1530804/150‑1 (MQ=255) cccGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGttt < 2:810406/150‑1 (MQ=255) 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gAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATg < 1:3698671/150‑1 (MQ=255) gAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATg > 2:3622288/1‑150 (MQ=255) gAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATg > 2:382905/1‑150 (MQ=255) gAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATg > 1:2188889/1‑150 (MQ=255) aaCTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGt > 1:1621578/1‑150 (MQ=255) 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cAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATa < 1:635748/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATa > 2:4345256/1‑150 (MQ=255) cAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATa > 2:4348682/1‑150 (MQ=255) cAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATa < 1:4404586/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATa > 1:2213516/1‑150 (MQ=255) 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cAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCg < 1:3945232/150‑1 (MQ=255) aGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGt > 1:4573087/1‑150 (MQ=255) tATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCGTTATCTTCGTAGt > 2:2522745/1‑150 (MQ=255) aTTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTg > 1:1934865/1‑150 (MQ=255) cGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTc < 1:3042789/150‑1 (MQ=255) 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cGTTCCACTACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCg < 2:3415010/150‑1 (MQ=255) ttCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGaa > 2:1970450/1‑150 (MQ=255) | TGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGAAATCGA > CP009273/745744‑746041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |