| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,309,158 | G→A | 12.4% | I108I (ATC→ATT) | yciE ← | putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,309,158 | 0 | G | A | 12.4% | 586.7 / 57.8 | 194 | I108I (ATC→ATT) | yciE | putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/98); new base A (10/14); total (82/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
CGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGATTTCAAATTGCTCGAAGACATATCCGCTAATAGAGCCTTTGACTATTTCATCAGAAGGGAATATACCACCGATTGACTGCCCAAGCGCAGCCATTTTACTCATGGAATCTTTAATGACTGAACGTGAAATGTCATTACGATCAAGAAT > CP009273/1309009‑1309307 | cGAATTAAATATTTCTGAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCCGCCAGTCGGCCATGTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTTATAGTGAGGTGTAACAGGCg < 2:815627/150‑1 (MQ=255) aaTTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCGAt < 1:766056/150‑1 (MQ=255) aaTTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTTCGATGGTTGGAATTGAAGCTGTATCACCGGCATTTTTTGCTGCTGCTAATAGTGAGGTGTAACAGGCAAt < 2:1690182/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |