| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,317,200 | G→T | 11.1% | Q2K (CAA→AAA) | trpE ← | component I of anthranilate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,317,200 | 0 | G | T | 11.1% | 614.0 / 2.3 | 202 | Q2K (CAA→AAA) | trpE | component I of anthranilate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/121); new base T (30/2); total (79/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GCTTTTTAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTGTTATTCTCTAATTTTGTTC‑AAAAAAAAGCCCGCTCATTAGGCGGGCTGGGTATCTGATTGCTTTACGCATGGTGAATACACTGCCCGTTTCAGGAAGTGCGCCACCAACCTTTCAGTACGAAAATTGCTTTCATTGTCGATACC > CP009273/1317051‑1317349 | gCTTTTTAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTg > 1:3503184/1‑150 (MQ=255) tttttAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCa > 1:2357710/1‑150 (MQ=255) tttttAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCa > 1:1878902/1‑150 (MQ=255) ttttAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTTCAt > 1:2153894/1‑150 (MQ=255) ttAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTg < 2:1606716/150‑1 (MQ=255) ttAAATCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTg < 1:468962/150‑1 (MQ=255) aaaTCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTGtt < 2:2351315/150‑1 (MQ=255) aaaTCATCTTTGCTGTCGATATCTGCGGATTCCAGCAGCAGCGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTGtt < 2:4729741/150‑1 (MQ=255) 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agcagcGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCCTTGTTATTCTCTAATTTTTTTC‑AAAAAAAATCCCGCTCAtt > 1:3488652/1‑150 (MQ=255) agcagcGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGGTTTTGTGTTTGGTTTTTTTTTCTCGTATTTTGTTG‑ACAAAATATCCCGCTCagt > 2:3602369/1‑148 (MQ=255) cagcGTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTTTGTTTTGATTGTTATTAGCTAATTTTGTTA‑AAAAAAAAACCCCCGCAATAg > 1:2454260/1‑150 (MQ=255) gTTGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTGTTATTCTCTAATTTTGTTC‑AAAAAAAAGCCCGCTCATTAGGCgg < 1:1984230/150‑1 (MQ=255) gtGCCGGACGATCCCCACACAACTGGTGAAAAAGCGCGGTGGGATTGTCGCGATAAGCGCCTTCGCAGGTTAGCAGTTCGAGAGTCGGTTTTTGTGTTTGCATTGTTATTCTCTAATTTTGTTC‑AAAAAAAAGCCCGCTCATTAGGCggg < 1:3402612/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |