| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,339,148 | C→T | 7.4% | G618S (GGT→AGT) | gmr ← | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase; csgD regulator; modulator of Rnase II stability |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,339,148 | 0 | C | T | 7.4% | 828.2 / 36.0 | 241 | G618S (GGT→AGT) | gmr | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase; csgD regulator; modulator of Rnase II stability |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/108); new base T (6/12); total (121/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATATATTCATCTACTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCACCTGAAGATTCAATGCCTGGGCCACAGCGACGATCGCCCGGACCAGTGACTGCGAGACAGGTTGTTTGTGAATATCTCGAACAAAAACCTGGTCAAGTTTGATGGCATCGATCGGAAAGCGCGCCAGTTGCGAAAG > CP009273/1339000‑1339295 | atatatTCATCTACTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCt > 2:1083745/1‑150 (MQ=255) tatTCATCTACTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCAACACCTTCg > 1:1284327/1‑150 (MQ=255) atTCATCTACTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCgg < 2:3865658/150‑1 (MQ=255) atTCATCTACTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCgg > 1:1915197/1‑150 (MQ=255) tCATCTACTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCg > 1:178119/1‑150 (MQ=255) aCTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCAcc > 1:438203/1‑150 (MQ=255) aCTTATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCAcc > 2:4688094/1‑150 (MQ=255) ttATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCACCTg > 2:1811756/1‑150 (MQ=255) ttATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCACCTg > 2:4197077/1‑150 (MQ=255) tATGCGCGCTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCACCTGa < 2:585671/150‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCACCTGAAGa < 1:3531789/150‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCACCTGAAGa < 1:3531911/150‑1 (MQ=255) cgcgcTTCAGATAGCGTTTATACCAGCGTTCGAAGGCGACGGCGGGCATCGGTTTGGCAAACAAAAATCCTTGCCGCTCATTGATCCCGTTCTTGGTTAAAAAAGCATCTTCCTTTGCACTCTCTACACCTTCGGCGATCACCTGAAGAt > 2:777187/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |