| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,355,349 | 0 | T | A | 6.4% | 599.6 / 24.6 | 171 | intergenic (‑184/‑28) | puuA/puuD | glutamate‑‑putrescine ligase/gamma‑glutamyl‑gamma‑aminobutyrate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/70); new base A (8/3); total (98/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAACAGGCTTAAGGGTCATGCGACCCAGACTCTGCAAGAAAAGTACCTGAATGCCATCATCCATGCAGGCGGCT > CP009273/1355201‑1355497 | cAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCTCAGTAATGGCGATa > 1:3217399/1‑150 (MQ=255) aaaGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATaa > 1:4571926/1‑150 (MQ=255) aaGCGAAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAAt < 2:3445490/150‑1 (MQ=255) 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aTAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAACAGGCTTAAGGGTCATGCGACCCAGACTCTGCAAGAAAAGTACCTGAATGCCATCATCCATGCAGGCGGCt > 2:1529248/1‑150 (MQ=255) aTAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAACAGGCTTAAGGGTCATGCGACCCAGACTCTGCAAGAAAAGTACCTGAATGCCATCATCCATGCAGGCGGCt > 2:1526465/1‑150 (MQ=255) | CAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAACAGGCTTAAGGGTCATGCGACCCAGACTCTGCAAGAAAAGTACCTGAATGCCATCATCCATGCAGGCGGCT > CP009273/1355201‑1355497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |