| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,495,078 | G→T | 9.3% | V83V (GTG→GTT) | tehA → | potassium‑tellurite ethidium and proflavin transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,495,078 | 0 | G | T | 9.3% | 1184.1 / 69.0 | 325 | V83V (GTG→GTT) | tehA | potassium‑tellurite ethidium and proflavin transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (145/149); new base T (18/12); total (163/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TGGCAGGTCAGCCACTGGTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGATCTCACCC > CP009273/1494929‑1495227 | tGGCAGGTCAGCCACTGGTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTtgtg < 1:4442883/150‑1 (MQ=255) ggCAGGTCAGCCACTGGTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGa < 1:901160/150‑1 (MQ=255) ggCAGGTCAGCCACTGGTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGa > 2:1931065/1‑150 (MQ=255) cACTGGTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCg > 2:633272/1‑150 (MQ=255) ggTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCaa > 1:2026429/1‑150 (MQ=255) gTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAac < 1:2179667/150‑1 (MQ=255) tAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTTAGTTTGTTTCCGGCAacga > 2:2042384/1‑150 (MQ=255) ggATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGAt > 2:4227182/1‑150 (MQ=255) gATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATg < 2:3685384/150‑1 (MQ=255) tGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCt > 2:4397494/1‑150 (MQ=255) gggCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCtg > 1:3368279/1‑150 (MQ=255) gggCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCGGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCtg < 1:1509966/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCTTCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCtgg < 1:3432577/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCtgg < 2:189125/150‑1 (MQ=255) cTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCtggtg > 1:1328392/1‑150 (MQ=255) gATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGAt > 2:2774705/1‑150 (MQ=255) cTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGAGTGGt > 2:3037355/1‑150 (MQ=255) ggCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGttt < 2:2574764/150‑1 (MQ=255) 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tcatcTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGt < 1:2707388/150‑1 (MQ=255) catcTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTTAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTg < 1:1087250/150‑1 (MQ=255) tcTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGAGTGGTTTTGTTCCGTGGt > 2:3744086/1‑150 (MQ=255) cTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGtt < 2:2255938/150‑1 (MQ=255) cTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGtt > 1:810521/1‑150 (MQ=255) ggggATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTTAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTc > 1:1601617/1‑150 (MQ=255) ggggATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTc > 2:358785/1‑150 (MQ=255) ggggATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTc > 2:292956/1‑150 (MQ=255) attattGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGccc > 1:822952/1‑150 (MQ=255) ttattGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCa < 2:1409343/150‑1 (MQ=255) 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cTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATgg > 1:1813925/1‑150 (MQ=255) gAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCCCTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGgcg > 1:521362/1‑150 (MQ=255) gAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGgcg > 1:2895762/1‑150 (MQ=255) aGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGgcgc > 2:1971032/1‑150 (MQ=255) cAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCgg > 1:1880463/1‑150 (MQ=255) gTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGAt > 1:2564683/1‑150 (MQ=255) ttttGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGAtc < 1:4602709/150‑1 (MQ=255) ttGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGAtctc > 2:1709220/1‑150 (MQ=255) gtgAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTTGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGATCTCAc < 1:4227657/150‑1 (MQ=255) gtgAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGATCTCAc < 1:2954409/150‑1 (MQ=255) gtgAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGATCTCAc < 1:397129/150‑1 (MQ=255) gAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGATCTCAccc < 1:3487734/150‑1 (MQ=255) | TGGCAGGTCAGCCACTGGTTAGGGGATGGGCTGGTGATTCTGGCGATGATCATCTGGGGATTATTGACTAGCGCATTTATTGCCCGACTCATACGCTTTCCGCATAGCGTGCTGGCGGAAGTTCGCCATCCAGTGCTGAGCAGTTTTGTGAGTTTGTTTCCGGCAACGACGATGCTGGTGGCGATTGGTTTTGTTCCGTGGTTTCGCCCACTGGCGGTGTGCCTGTTCAGTTTTGGTGTCGTGGTTCAGTTGGCTTATGCCGCCTGGCAAACTGCGGGATTATGGCGCGGATCTCACCC > CP009273/1494929‑1495227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |