| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,997,314 | G→T | 39.7% | intergenic (‑227/‑39) | fliC ← / → fliD | flagellar filament structural protein (flagellin)/flagellar filament capping protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,997,314 | 0 | G | T | 39.7% | 218.4 / 238.0 | 201 | intergenic (‑227/‑39) | fliC/fliD | flagellar filament structural protein (flagellin)/flagellar filament capping protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/52); new base T (45/34); total (115/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TATCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAGCAA > CP009273/1997165‑1997463 | tATCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCg > 1:1707160/1‑150 (MQ=255) gTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTAt > 1:3831941/1‑150 (MQ=255) tCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTAtt < 2:1439537/150‑1 (MQ=255) tGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCg > 2:3826324/1‑150 (MQ=255) tGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCg > 2:2653111/1‑150 (MQ=255) gTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGt < 2:177576/150‑1 (MQ=255) gTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGt > 1:1375972/1‑150 (MQ=255) gTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCACGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGt > 1:2201143/1‑150 (MQ=255) tCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGtt < 2:1345494/150‑1 (MQ=255) cGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGttt > 1:295558/1‑150 (MQ=255) cGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGttt > 1:3464845/1‑150 (MQ=255) gTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGtttt < 2:2757352/150‑1 (MQ=255) tAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTa > 1:21652/1‑150 (MQ=255) tAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTa < 1:337426/150‑1 (MQ=255) aaaaCAACCATTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTAc < 1:392113/150‑1 (MQ=255) aaaCAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGCCCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACg < 2:845265/150‑1 (MQ=255) aacCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTc < 1:3878949/150‑1 (MQ=255) acCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCg > 1:1057351/1‑150 (MQ=255) ccTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGa > 2:1749807/1‑150 (MQ=255) tttAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGaaa < 1:3334176/150‑1 (MQ=255) ttAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAg < 2:2467031/150‑1 (MQ=255) ttAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAg > 1:2440275/1‑150 (MQ=255) gAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGaga > 2:2183592/1‑148 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATaa < 2:2903853/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTGTACGTGTCGAAAGATaa > 2:3147001/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATaa < 1:3895338/150‑1 (MQ=255) ttttCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGa > 2:4218037/1‑150 (MQ=255) gttCAAAAACAGCCCGGTTGTGTTCGTCGCCGACATACGCGTTACTCTGCCCCTTATGCCCGCTATTAAAAAAAACAATTACCCGGACACTTTGCGCAATTCAGACCGAGAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGaa < 2:3707428/149‑1 (MQ=255) aaCAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCAt < 2:4248375/150‑1 (MQ=255) aaCAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCAt < 2:1647778/150‑1 (MQ=255) aTTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGt < 2:2832567/150‑1 (MQ=255) aTTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGt < 1:3825960/150‑1 (MQ=255) ttGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTc < 1:4525977/150‑1 (MQ=255) ttGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTc > 2:3499753/1‑150 (MQ=255) tGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAAGTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCa < 1:30736/150‑1 (MQ=255) gTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCAt < 1:1061356/150‑1 (MQ=255) ttAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATc > 1:5195/1‑150 (MQ=255) tAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCg < 1:2322253/150‑1 (MQ=255) tAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCg > 2:1509332/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCt < 1:3530281/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCt < 1:4551811/150‑1 (MQ=255) cGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTgg > 2:3798761/1‑150 (MQ=255) cGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGACATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAg > 2:1306418/1‑150 (MQ=255) gAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTACACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGt < 2:2403668/150‑1 (MQ=255) gAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGt > 1:4506484/1‑150 (MQ=255) aaTACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCg > 2:4510957/1‑150 (MQ=255) aTACTCTTTTCTCTGCCCCTTAGTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTACACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCgg < 2:4127628/150‑1 (MQ=255) tACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCggg > 1:262025/1‑150 (MQ=255) aCTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGt > 1:3845327/1‑150 (MQ=255) ctctTTTCTCTGCCCCGTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTCAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTc > 2:4509915/1‑150 (MQ=255) tctTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAAGTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCa < 1:131221/150‑1 (MQ=255) ctTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAg > 1:2049971/1‑150 (MQ=255) tttCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGt < 2:4734143/150‑1 (MQ=255) tctcTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCt < 2:4670234/150‑1 (MQ=255) tctcTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCt < 1:1139105/150‑1 (MQ=255) ctGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGa > 1:4739764/1‑150 (MQ=255) ctGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGa > 2:1316848/1‑150 (MQ=255) tGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGAt > 1:1734329/1‑150 (MQ=255) gCCCCTGATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAAGTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGAtt < 2:4034966/150‑1 (MQ=255) cccTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTa > 2:893321/1‑150 (MQ=255) cTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAg < 1:4056320/150‑1 (MQ=255) cTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAg < 2:1057368/150‑1 (MQ=255) ttATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGt > 2:2123539/1‑150 (MQ=255) tATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGtt < 2:4418083/150‑1 (MQ=255) gCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCt < 2:3605168/150‑1 (MQ=255) gCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCt > 1:4355988/1‑150 (MQ=255) cTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCtt < 1:3294199/150‑1 (MQ=255) tATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTg < 2:3591084/150‑1 (MQ=255) aaaaaaaaCAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAg > 2:1119996/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaaCAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAg < 1:2503282/150‑1 (MQ=255) aaaaaaaCAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGc > 2:147869/1‑150 (MQ=255) aaaaaCAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCt < 2:3285933/150‑1 (MQ=255) aaaaCAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTc < 1:3701333/150‑1 (MQ=255) aaaaCAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTc > 1:2412804/1‑150 (MQ=255) cAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCAccg < 1:1447453/150‑1 (MQ=255) aaTTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCAccgc > 2:4704875/1‑150 (MQ=255) ttAACCGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCAccgccg < 2:2574467/150‑1 (MQ=255) aaaCGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCcgcg < 1:3378461/150‑1 (MQ=255) aaaCGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCcgcg < 1:3378246/150‑1 (MQ=255) aaCGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCgcgc > 1:4128758/1‑150 (MQ=255) aaCGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCgcgc > 1:4575165/1‑150 (MQ=255) aCGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCa > 1:2456264/1‑150 (MQ=255) gTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCaaa > 2:3997962/1‑150 (MQ=255) gTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCaaa > 2:4069471/1‑150 (MQ=255) aaCTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAg > 1:1934040/1‑150 (MQ=255) aaCTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAg < 1:1001424/150‑1 (MQ=255) tttGCGCACTTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGTTAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGa < 1:696640/150‑1 (MQ=255) tttGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGa > 1:3278192/1‑150 (MQ=255) tGCGCAATTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACg > 1:1025691/1‑150 (MQ=255) tGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACg > 1:900613/1‑150 (MQ=255) gcATTTCAGACCTATAACCCCGTTATTCTTTTTACGTGTCTAAATATAAACGAAAATCGCTTGGAAATTATTAAATCGCTGGTAGTCGGGTCTGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATACCCTCACCGCCGCGAAAAACGCGACGCTa < 2:2008612/150‑1 (MQ=255) aaTTCAGACCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAAc > 1:3924847/1‑150 (MQ=255) aaTTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAAc > 2:1060277/1‑150 (MQ=255) aaTTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAAc > 1:3230899/1‑150 (MQ=255) ttCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAAccc > 2:182126/1‑150 (MQ=255) aCCGATAACCCCTGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCAtt > 2:3391783/1‑150 (MQ=255) ctaTACCCCCGTTATTTGTTTTAGGTGTCTAATTATAAAAGTAAATCGCATGGAATGTTTTTAATGGGTGGTTGTGGGGTCTGTTCTGTATTTAAGTTCCATCCTTTATAGCCACACCGCCGCGAAAAACGCGACGCTAACCCCCATTTc < 1:273165/148‑1 (MQ=255) gATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCa > 2:221751/1‑150 (MQ=255) cccgGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAACATAAAAGGAAATCGCTGGGAATGTATTTCTTCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTGTGGATTTAAGTTCAATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGAAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCa < 2:3369893/150‑1 (MQ=255) ggTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAGCaa > 2:2894300/1‑150 (MQ=255) | TATCGTCTGTCGTAAAACAACCTTTAGAATTTTTTTCAAAAACAGCCATTTTTTGTTAGTCGCCGAAATACTCTTTTCTCTGCCCCTTATTCCCGCTATTAAAAAAAACAATTAAACGTAAACTTTGCGCAATTCAGACCGATAACCCCGGTATTCGTTTTACGTGTCGAAAGATAAAAGGAAATCGCATGGCAAGTATTTCATCGCTGGGAGTCGGGTCAGGTCTGGATTTAAGTTCCATCCTTGATAGCCTCACCGCCGCGCAAAAAGCGACGCTAACCCCCATTTCAAATCAGCAA > CP009273/1997165‑1997463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |