| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,050,206 | A→G | 13.5% | intergenic (+210/‑133) | amn → / → yeeN | AMP nucleosidase/UPF0082 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,050,206 | 0 | A | G | 13.5% | 212.4 / 22.5 | 78 | intergenic (+210/‑133) | amn/yeeN | AMP nucleosidase/UPF0082 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/47); new base G (4/6); total (25/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
CTGCAATAATCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATAAGATTATGGCTTTAGAATATTTTTATTTCTAATAGACGAGATTTTTCCTGTTATGATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGG > CP009273/2050061‑2050353 | cTGCAATAATCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAAtata < 2:2039380/150‑1 (MQ=255)cTGCAATAATCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAAtata < 1:3951184/150‑1 (MQ=255) tGCAATAATCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATaa < 1:772902/150‑1 (MQ=255) tGCAATAATCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATaa < 1:4297126/150‑1 (MQ=255) gaaataatCGTGGGCTGTGTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATAAg < 2:3795226/148‑1 (MQ=255) gCAATAATCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAGTATAAg < 1:30083/150‑1 (MQ=255) aataatCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATAAGAt > 1:896599/1‑150 (MQ=255) ataatCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATAAGAtt < 1:1811780/150‑1 (MQ=255) 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tattatCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAATTATAAGATTATGGCTTTAGAATATTTTTATTTCTAATGGTCGTGAttttt > 2:2594023/1‑150 (MQ=255) ttatCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAGTATAAGATTATGGCTTTAGAATATTTTTATTTCTAATAGACGAGATTTTTcc > 1:3708763/1‑150 (MQ=255) ttatCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAGTATAAGATTATGGCTTTAGAATATTTTTATTTCTAATAGACGAGATTTTTcc > 1:161964/1‑150 (MQ=255) ttatCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATAAGATTATGGCTTTAGAATATTTTTATTTCTAATAGACGAGATTTTTcc > 1:3397758/1‑150 (MQ=255) ttatCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATAAGATTATGGCTTTAGAATATTTTTATTTCTAATAGACGAGATTTTTcc > 1:3397753/1‑150 (MQ=255) 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CTGCAATAATCGTGGGCTGTTTGCTTCCTTGGGCGGATACGAGTTTTATTATCGTCTTAATGATTTCCACATATTAAAAGCAAGTATGCTTTCAAAACACAATTATAAAAAATCCCGCCAACAATATAAGTTTTTATAAAATTAAATATAAGATTATGGCTTTAGAATATTTTTATTTCTAATAGACGAGATTTTTCCTGTTATGATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGG > CP009273/2050061‑2050353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |