Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,104,927 | C→A | 13.6% | A177A (GCG→GCT) | rfbD ← | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)‑binding, of dTDP‑L‑rhamnose synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,104,927 | 0 | C | A | 13.6% | 764.0 / 80.2 | 235 | A177A (GCG→GCT) | rfbD | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)‑binding, of dTDP‑L‑rhamnose synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/120); new base A (16/16); total (99/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGCTAACTTGGTTTCACCGTA > CP009273/2104779‑2105076 | aaTCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTa > 2:924608/1‑150 (MQ=255) aTCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTaa < 2:1190069/150‑1 (MQ=255) aTCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTaa < 2:134427/150‑1 (MQ=255) aTCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTaa > 2:2931856/1‑150 (MQ=255) tCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAAt < 1:3040606/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTTCAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAAttctt < 2:3686904/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAAttctt < 2:4269920/150‑1 (MQ=255) ccAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAAttcttc < 2:1942432/150‑1 (MQ=255) gTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGc > 1:4230082/1‑150 (MQ=255) gtgGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGctct < 1:1598959/150‑1 (MQ=255) gtgGTACCACTGGCTAACAAATGGTTCAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGctct < 2:2573322/150‑1 (MQ=255) gTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCtttt < 1:3118196/150‑1 (MQ=255) tACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTCATTCTTCACGCTCTTTTg > 2:4553599/1‑150 (MQ=255) tACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTg > 2:4356621/1‑150 (MQ=255) tACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTg < 1:237657/150‑1 (MQ=255) tACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTg < 2:3324727/150‑1 (MQ=255) tACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTg < 2:2286791/150‑1 (MQ=255) cACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGACATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCa < 1:4071882/150‑1 (MQ=255) 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tGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGtt > 1:1626081/1‑150 (MQ=255) cGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTAt > 2:3825852/1‑150 (MQ=255) gACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTAtt < 1:2769640/150‑1 (MQ=255) aCATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTAttt < 1:1747387/150‑1 (MQ=255) cATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTAtttc > 2:2984345/1‑150 (MQ=255) 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aCCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTaa < 1:1854283/150‑1 (MQ=255) cTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACg < 1:3774991/150‑1 (MQ=255) tGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGc > 1:1573290/1‑150 (MQ=255) tGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGc > 2:1929195/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCt < 1:1968440/150‑1 (MQ=255) tGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCttt > 1:3656732/1‑150 (MQ=255) gcgcACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCttttt < 2:558638/150‑1 (MQ=255) gcgcACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCttttt < 1:2574040/150‑1 (MQ=255) gcACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTtct < 1:4167899/150‑1 (MQ=255) aCCAAACTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTcc < 2:2215236/150‑1 (MQ=255) cAAACTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCgg > 2:1596816/1‑150 (MQ=255) aaaCTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGc > 1:575881/1‑150 (MQ=255) aaaCTGATCGTTAATAACAGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGc > 2:2395414/1‑150 (MQ=255) cTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGCTaa < 1:4356621/150‑1 (MQ=255) tGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGCTAAc > 1:501206/1‑150 (MQ=255) tCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGCTAACTTg < 1:971632/150‑1 (MQ=255) aataaCCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGCTAACTTGGTTTc > 2:4118809/1‑150 (MQ=255) | CATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCCAGCAGTTCAGCACCTGTTGGCGCACCAAACTGATCGTTAATAACCGCTAATTCTTCACGCTCTTTTGCCAGACGTAACATCGTTTTGGCGAAGTTATTTCCTTTTCCTGCATAGACCCAGCTGGTCCGGAAAATAAGATGCTTCGCGCAATATTCCTGTAACGCTTTTTCTCCGGCTAACTTGGTTTCACCGTA > CP009273/2104779‑2105076 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |