| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,139,910 | G→T | 94.8% | R1055L (CGA→CTA) | yegE → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,139,910 | 0 | G | T | 94.8% | 1120.6 / 42.3 | 328 | R1055L (CGA→CTA) | yegE | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/12); new base T (161/150); total (166/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
CAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTCGCGATTA > CP009273/2139765‑2140059 | gTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCggg < 2:4699295/150‑1 (MQ=255) gTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCggg < 2:4047509/150‑1 (MQ=255) gTGGGCCGCGATCAGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCggg > 2:188533/1‑150 (MQ=255) tGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGa > 1:3497445/1‑150 (MQ=255) ggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATg < 1:338283/150‑1 (MQ=255) gCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGa > 1:2108430/1‑150 (MQ=255) cgcgATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGaaa > 1:3724133/1‑150 (MQ=255) gcgATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGaaaa < 1:2832492/150‑1 (MQ=255) 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aTTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTg < 1:2724552/150‑1 (MQ=255) aTTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTg < 1:3107490/150‑1 (MQ=255) aTTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCATAGTGATTGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATGTGATGTATGGTTTGGTGATTTCCGATGCCCCACCGCTGGATTTg > 2:3681974/1‑150 (MQ=255) gATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGt < 1:3694642/150‑1 (MQ=255) attattCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTg < 2:4087390/150‑1 (MQ=255) tattCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTggggca > 2:4215490/1‑146 (MQ=255) attCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAAt < 1:1034432/150‑1 (MQ=255) attCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATAGGATGTATGGTGAGGGGATTGCCGATGCCCCACCGCGGGGTTTGCGGGTGCAt > 2:2505607/1‑150 (MQ=255) ggggCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAAtagtag < 2:2753081/150‑1 (MQ=255) ggggCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAAtagtag > 2:1127432/1‑150 (MQ=255) cGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTAttt < 1:901382/150‑1 (MQ=255) cAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATCTcgcg < 2:4596837/150‑1 (MQ=255) | CAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTCGCGATTA > CP009273/2139765‑2140059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |