Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,222,684 | G→C | 7.5% | intergenic (+140/+233) | yohP → / ← dusC | uncharacterized protein/tRNA‑dihydrouridine synthase C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,222,684 | 0 | G | C | 7.5% | 286.1 / 3.8 | 109 | intergenic (+140/+233) | yohP/dusC | uncharacterized protein/tRNA‑dihydrouridine synthase C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/77); new base C (2/7); total (25/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GATATTTTAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAACGCC > CP009273/2222535‑2222833 | gatATTTTAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTg < 1:660884/150‑1 (MQ=255) gatATTTTAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTg < 1:660917/150‑1 (MQ=255) tatttAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCAc < 2:1919390/148‑1 (MQ=255) ttttAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCAcc < 2:2395765/150‑1 (MQ=255) aattaattAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GGGGGGGGGGGG‑CGG‑G‑CCCCCCCGccccccccccccccccc > 1:2951259/1‑147 (MQ=255) attaattaATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGTGGGCGGC‑CAA‑A‑CGCCCCCCCCCCCAGCACCCCCCGGc > 1:2654731/1‑150 (MQ=38) ttaattaaTGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GGGGGGGGGGGG‑GCA‑C‑CCCCCCCGccccccccccccccccccc > 2:3806317/1‑145 (MQ=255) ttaattaaTGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GGGGGGGGGGGG‑CCA‑G‑AGccccccccccccccccccccccccc > 2:1389186/1‑145 (MQ=255) 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tctctcATCCTGTTGGGCTCCTGTCTGGTGATTTGCTTAATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATcc < 1:1471656/150‑1 (MQ=17) ctcATCGTGTGGCGCGCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAAGCACGGGCGCACGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCtt < 2:4419686/150‑1 (MQ=17) tcATCGTGTGGCGCTCGTGTCTTGTGATTTGCTTCATATAACCCCGGGCGCACGGCGCGC‑GC‑GGGGGGGGC‑CAA‑TGCCCCCCCCCCCCCTCCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTa < 1:515654/150‑1 (MQ=9) taaTCTTGTTGGGCTCGTGTCTTTTGATTTGTTTCATATAATCACTGGGGCACGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTa < 2:3180914/148‑1 (MQ=14) agccggTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATATTCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAC‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACg < 2:2601983/145‑1 (MQ=255) aTCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACg < 2:2601435/150‑1 (MQ=255) tCCTGTTGCGCTCCTGTCTTGTGAATTGCTTAATATAATCCCGGGCGCATGGTGCGC‑GCTGGGGGCGGC‑AAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACgg < 2:2017361/150‑1 (MQ=17) tgtgGCGCTCCTGTCTTGTGATTTGCTTAATATAAACACGGGCGCAGGGCGGGC‑GCTGGGGGGGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTa < 1:1518530/150‑1 (MQ=14) gcgcTCCTTTCTTGTGCATTGCTTAATATAATCACTGGCGAAAGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCgg < 2:2610724/150‑1 (MQ=17) cgcTCCGGTCCTGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCGGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCggg < 2:4489809/150‑1 (MQ=255) 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tcatgttgcgc‑gcTGGGGG‑GGC‑CAATT‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCTAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCa < 1:1014928/143‑1 (MQ=11) cAAGGAGCGC‑GCTGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAg < 2:1472631/150‑1 (MQ=17) cAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAg < 2:4709866/150‑1 (MQ=32) aatgttgcgc‑gcGGGGGGCGCC‑CAA‑G‑CGCGGCCGCCCCCGCCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAg < 1:1019237/144‑1 (MQ=11) aaGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGc < 2:3313908/150‑1 (MQ=32) aGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGcc < 2:2667430/150‑1 (MQ=32) gtgcgc‑gcTGGGGGCGGC‑AAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCca < 1:1130398/148‑1 (MQ=12) gAGCGC‑GCAGGGGGCGCC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCca < 1:1907931/150‑1 (MQ=17) gcAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCa < 1:4295242/150‑1 (MQ=32) gcAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCa < 1:4295209/150‑1 (MQ=32) 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gccgccgccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGcc < 2:889267/150‑1 (MQ=32) ccgccgccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCt < 2:3848825/150‑1 (MQ=32) gccgccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTc < 1:619163/150‑1 (MQ=32) gccgccCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCGTATACCGTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTGACATCCCTGTAAAACGCGCCCACAGCCCACCACCATGTGGGGTGCCCCGGCCGTc > 1:3294327/1‑150 (MQ=11) gcccccCCGTCCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTc < 1:3706447/150‑1 (MQ=12) 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ccccccGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAggg < 1:27911/150‑1 (MQ=17) cccccTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCGTATACCGTAAGGCGACCCGGTCGGGCGCGCGGGAACAAACCAGTAAAAACCCCCCACAGCCCACCACCAAGTGGGGTGGCCCCGCCGTCAcgg > 1:2794695/1‑150 (MQ=2) cccccGGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAggg < 1:1216451/150‑1 (MQ=17) cccccGCCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAggg < 1:1216206/150‑1 (MQ=17) ccccTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGa < 1:1796728/150‑1 (MQ=32) 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gCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAACGcc > 1:3039707/1‑150 (MQ=32) gCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAACGcc < 1:3821242/150‑1 (MQ=32) | GATATTTTAAAATTAATTAATGTCATCAGGTCCGAAAATAACGAGAATATTTCAGTCTCTCATCCTGTTGCGCTCCTGTCATGTGCATTGCTTCATATAATCACTGGCGCAAGGAGCGC‑GCAGGGGGCGGC‑CAA‑T‑CGCCGCCGCCCCCTGCACCCCCGGGCTCTGGCGAACAAAATCGCCGCTGCGCGGTGCCCTCGGCTTATCCCTTACGGCTACCGGGTCGGGCGCGAGGTAACATCCCTGTAAAACGCGCCCTCAGCCCACATCCATGTGGGCTGCCCCGGCCTTCAGGGAACGCC > CP009273/2222535‑2222833 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |