Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,379,310 | C→A | 14.1% | intergenic (‑109/‑29) | yfbK ← / → yfbL | Von Willebrand factor domain putative lipoprotein/putative peptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,379,310 | 0 | C | A | 14.1% | 382.5 / 40.4 | 121 | intergenic (‑109/‑29) | yfbK/yfbL | Von Willebrand factor domain putative lipoprotein/putative peptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/49); new base A (9/8); total (64/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ACTACTCATAAGCAACATGATTATATTTTTATTTCGCATATAAAATCCTTTTAAATAAACTCAGGCACCAGACATAAAATATACTCTTTGTATAATCCTGCTAATCTTAATAAAATACAATATCGAAACCCATAGCAAATAATGATTCAACAACGCAACCCATTAATAATTTGCATATGAAAAAAATAATCTTTGCTTTTATTATATTATTTGTGTTTTTACTCCCTATGATTATTTTTTACCAACCCTGGGTCAATGCATTACCGTCAACGCCCCGACACGCAAGTCCTGAGCAAT > CP009273/2379163‑2379459 | actactCATAAGCAACATGATTATATTTTTATTTCGCATATAAAATCCTTTTAAATAAACTCAGGCACCAGACATAAAATATACTCTTTGTATAATCCTGCTAATCTTAATAAAATACAATATCGAAACCCATAGCAAATAATGATTcaa < 1:3181095/150‑1 (MQ=255) tactCATAAGCAACATGATTATATTTTTATTTCGCATATAAAATCCTTTTAAATAAACTCAGGCACCAGACATAAAATATACTCTTTGTATAATCCTGCTAATCTTAATAAAATACAATATCGAAACCCATAGCAAATAATGATTcaaca < 1:372095/150‑1 (MQ=255) ctCATAAGCAACATGATTATATTTTTATTTCGCATATAAAATCCTTTTAAATAAACTCAGGCACCAGACATAAAATATACTCTTTGTATAATCCTGCTAATCTTAATAAAATACAATATCGAAACCCATAGCAAATAATGATTCaacaac > 1:663569/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |