Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,664,779 | G→T | 8.5% | D66Y (GAT→TAT) | hcaB → | 2,3‑dihydroxy‑2,3‑dihydrophenylpropionate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,664,779 | 0 | G | T | 8.5% | 1044.5 / 52.4 | 282 | D66Y (GAT→TAT) | hcaB | 2,3‑dihydroxy‑2,3‑dihydrophenylpropionate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (134/124); new base T (8/16); total (142/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.10e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTC > CP009273/2664631‑2664928 | gggATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGa > 2:928851/1‑150 (MQ=255) aTTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTa < 1:2397038/150‑1 (MQ=255) tAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATc < 1:2950333/150‑1 (MQ=255) 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aGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCgg < 1:1765815/150‑1 (MQ=255) gTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCt > 1:1547288/1‑150 (MQ=255) tAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCtt < 1:194206/150‑1 (MQ=255) tAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCtt < 1:2568084/150‑1 (MQ=255) aaCGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTc < 1:3427659/150‑1 (MQ=255) 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tGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGGTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTg > 2:3637484/1‑150 (MQ=255) tATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGttt > 2:3525703/1‑150 (MQ=255) aTGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTa > 2:3855303/1‑150 (MQ=255) aTGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTa > 2:3364010/1‑150 (MQ=255) aTGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGGTTa > 2:4265981/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTaa < 1:723060/150‑1 (MQ=255) gATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTc > 1:3989238/1‑150 (MQ=255) | GGGATTAGGGCTGGCGCTGGTCGAGCGATTTATCGAAGAAGGCGCGCAGGTTGCCACGCTGGAACTGTCGGCGGCAAAAGTCGCCAGTCTGCGTCAGCGATTTGGCGAACATATTCTGGCGGTGGAAGGTAACGTGACCTGTTATGCCGATTATCAACGCGCGGTCGATCAGATCCTGACTCGTTCCGGCAAGCTGGATTGTTTTATCGGCAATGCAGGCATCTGGGATCACAATGCCTCACTGGTTAATACTCCCGCAGAGACGCTCGAAACCGGCTTCCACGAGCTGTTTAACGTC > CP009273/2664631‑2664928 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |