Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,970,289 | T→G | 5.8% | L111R (CTG→CGG) | galR → | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,970,289 | 0 | T | G | 5.8% | 883.6 / 36.3 | 265 | L111R (CTG→CGG) | galR | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/132); new base G (10/6); total (127/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GGTCGGTCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGATCCGCCATCGCTGTGCTGCGTTGGTCGTCCATGCCAAAATGATCCCGGATGCTGATTTAGCCTCATTAATGAAACAAATGCCCGGTATGGTGCTGATCAACCGTATCCTGCCTGGCTTTGAAAACCGTTGTATTGCTCTGGACG > CP009273/2970140‑2970435 | ggtcggtcTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACt > 2:3563648/1‑150 (MQ=255) tcggtcTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGa < 1:3269408/150‑1 (MQ=255) tcggtcTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGa < 1:2916621/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGATCCGc > 2:3716508/1‑150 (MQ=255) gTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGATCCGCCAt < 1:3116826/150‑1 (MQ=255) gTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGATCCGCCAt < 1:2912851/150‑1 (MQ=255) tCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGATCCGCCATc < 1:4536315/150‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGATCCGCCATCGCtgt > 2:1998960/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |