| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 255,882 | 0 | A | T | 11.0% | 511.8 / 35.3 | 155 | intergenic (‑71/‑217) | phoE/proB | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/65); new base T (5/11); total (77/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ATTATATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTCGCAGATGGTTGGCA > CP009273/255734‑256031 | attatATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTaa < 1:1290142/150‑1 (MQ=255)attatATATTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTaa > 1:4000813/1‑150 (MQ=255) tatataTTTCTGCAGCCTGTACAGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGTCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAAcc < 1:980158/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |