Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 3,311,918 | C→T | 12.7% | intergenic (‑270/‑78) | metY ← / → argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,311,918 | 0 | C | T | 12.7% | 515.6 / 51.8 | 173 | intergenic (‑270/‑78) | metY/argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/61); new base T (19/3); total (109/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGTTATTTTATGACGACGATTCTCAAGCATCTCCCGGTAGGTCAACGTATTGGTATCGCTTTTTCTGGCGGTCTGGACACC > CP009273/3311772‑3312067 | tATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAATTCattt > 2:2455206/1‑150 (MQ=255) ttGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAATTCatttat > 1:746517/1‑150 (MQ=255) ttGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCatttat < 1:3023964/150‑1 (MQ=255) 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tAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTg > 1:1892516/1‑150 (MQ=255) tAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTg > 1:2374269/1‑150 (MQ=255) aaTCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGc > 1:1833682/1‑150 (MQ=255) tgtgAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATaaa < 1:2379083/150‑1 (MQ=255) gtgAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATaaaa < 2:2815972/150‑1 (MQ=255) aatgaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAATTCATTTATTTTGCATAAAAAtt > 2:3959879/1‑150 (MQ=255) aatgaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAAtt < 2:1530925/150‑1 (MQ=255) atgaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTc > 2:1354162/1‑150 (MQ=255) gaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAg < 2:1139095/150‑1 (MQ=255) gaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAg > 2:3920946/1‑150 (MQ=255) gaatATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAg > 2:2877323/1‑150 (MQ=255) atCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTgag < 2:533415/150‑1 (MQ=255) ccAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATCCAGTGagag > 2:4283291/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTATTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGagag < 1:854972/150‑1 (MQ=255) aGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCg > 2:4700119/1‑150 (MQ=255) 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ttgAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcatc < 2:1194232/150‑1 (MQ=255) tgAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcatca > 1:2885200/1‑150 (MQ=255) aaTACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCtcatcatc > 2:1941447/1‑150 (MQ=255) ttttGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGtta > 2:4214155/1‑150 (MQ=255) ttttGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTACAAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGtta > 2:3004057/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |