Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,354,405 | C→T | 94.4% | intergenic (+430/‑130) | gltD → / → gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,354,405 | 0 | C | T | 94.4% | 243.0 / 3.9 | 73 | intergenic (+430/‑130) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (36/32); total (39/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
ATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGA > CP009273/3354262‑3354550 | atGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaa > 2:2038278/1‑150 (MQ=255) atGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaa < 2:1918225/150‑1 (MQ=255) gAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaata < 1:1456220/150‑1 (MQ=255) 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ATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGA > CP009273/3354262‑3354550 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |