Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,385,487 | A→T | 5.5% | intergenic (‑100/+330) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,385,487 | 0 | A | T | 5.5% | 817.5 / 9.8 | 318 | intergenic (‑100/+330) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (195/78); new base T (5/19); total (200/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACG > CP009273/3385338‑3385636 | cAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAgg > 1:157047/1‑150 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGc > 1:268951/1‑150 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGc > 1:268530/1‑150 (MQ=255) ccGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTg < 2:4359047/150‑1 (MQ=255) gTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGAt < 1:1263668/150‑1 (MQ=255) gTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGAt < 2:2313866/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATa < 2:3897657/150‑1 (MQ=255) gcTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGc > 2:4603948/1‑150 (MQ=255) cTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGca < 2:4572237/150‑1 (MQ=255) aGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGcaca < 1:2345529/150‑1 (MQ=255) aGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGcaca > 1:4334827/1‑150 (MQ=255) gTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGc < 1:4303314/150‑1 (MQ=255) gTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTAG‑TAGGCCTGATACTACGAAAAGCGTCGc > 2:367515/1‑150 (MQ=38) tCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt > 1:3218080/1‑150 (MQ=255) aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 1:1023240/150‑1 (MQ=255) aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 1:4054959/150‑1 (MQ=255) cTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg > 1:3798985/1‑150 (MQ=255) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGATGATTTTTTACTGCTGCCGGATGAGGCGTGAACGCCCTATCAAGACTACTGTTATGTTACGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCTTCGCATCAga > 1:2640745/1‑149 (MQ=37) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg > 1:887973/1‑150 (MQ=255) tACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc < 1:1634626/150‑1 (MQ=255) tACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc > 1:3078024/1‑150 (MQ=255) ggTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg < 2:3303812/150‑1 (MQ=255) ggTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGGTTG‑TAGGCCTGATAACACGCAAACCGACGCATCAGCCACCgg > 1:3979311/1‑150 (MQ=38) ggTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCAGGGTAG‑TAGGCCTTTTGAGACGCAAAGAGTCGCGTCAGCCagagg > 1:1999157/1‑146 (MQ=25) tAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAATACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:1426978/1‑150 (MQ=255) aaGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGt > 1:2427870/1‑150 (MQ=255) aaGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGt > 2:3948617/1‑150 (MQ=255) aGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACATCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTc > 1:3088118/1‑150 (MQ=255) aGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGCCTgac > 2:1330003/1‑148 (MQ=255) gACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGCCg > 1:614541/1‑150 (MQ=255) aCTCATCGTTTTTGCTCCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACgg > 2:1064309/1‑150 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgc > 1:212769/1‑150 (MQ=255) tttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATTCGGCGTa > 1:4613534/1‑150 (MQ=255) ctccTCGTTAGTTACGGCAGTAGAGCTTTTTTTACGGCGGCCGGATGCGGCGTCAACGCCCTATCCAGCCCAGGGTTTTGTGCCGGTTTG‑TCGGCCTTAAAAGACGCACCGCGTCGCATCTGGAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACg < 2:3404402/147‑1 (MQ=255) cGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 1:1898379/1‑150 (MQ=255) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCG‑TTGGCCttt < 1:1323540/93‑3 (MQ=14) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCG‑TTGGCCttt > 2:1323540/1‑91 (MQ=14) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCatat > 2:1725865/1‑150 (MQ=255) agttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGGATTG‑TTGGCCTGTAAATACGCACAGCGTCGCGTCCGGCAACGGCTGTCGGAAGCGGCGGAAACGccatctcgt > 2:1269021/1‑143 (MQ=18) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 2:2254467/1‑150 (MQ=255) gtgatgTAGAGGATTTTTTCCGGCTGCGGGTGGCGGGGTGAACGCCCTACCCAGCCTACGTTTTTGTTCGGGTTTG‑TAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 2:2848318/145‑1 (MQ=18) gctgTAGAGTATTTTTTAGGGCTGCGGGATGCGGCTTGAACGCCCTATCCACCCTACGTTTTTGTTCGGTTTTT‑TTGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCCTCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg < 1:2295255/147‑1 (MQ=17) cAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:3156063/1‑150 (MQ=255) cAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 2:39857/1‑150 (MQ=255) aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACATCGTCGAAACAGGCAACGGCTGTAGGATGCGGCGTAAAAGCCGTATCGGACCTAGGGt > 2:4456180/1‑150 (MQ=18) aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:4433600/1‑150 (MQ=255) gTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGATGTCGGATGAGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGtt > 1:711503/1‑150 (MQ=255) ttgtgttttttttACGGCTGCGGGATGCGGCGTTAACGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAACACGAACAGCGTCGAATCTGGAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 2:199526/143‑1 (MQ=17) tagtgttttttttCCGGCTGCGGGTTGCGGCGTGAACGCCCTAACCCGCCTACGTTTTGGTTCCGGTTTG‑TCGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 2:2089266/143‑1 (MQ=17) tgttgtttttttCGGGCTGCCGGAGGCGGCGTCAACGCCCTAACCAGCCTACGTTTTTGTTCCGTTTTG‑TTGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 1:753213/144‑1 (MQ=14) taTTTTTTAGGGCTGCCGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTTTGTTCGGGTGTG‑TCGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:1645071/149‑1 (MQ=17) gATTTTTTACGGCTGCCGGTGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTATGTTCCGGTTTG‑TTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:1108272/150‑1 (MQ=255) gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGGTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGAGGCGGCGTCAACGCCTTATCCGACCTACGGGTAGGTTc > 2:2216273/1‑150 (MQ=17) aTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 1:1770625/1‑150 (MQ=255) aTTTTTGCCGGCGGCCGGAGGCGGGGCGACCGCCCTACCCCGCCTCGGGTTTTGTTCGGGTTTG‑TCGGCTTGATAAGCCGCACCGCGCGGCATCAGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:4087380/150‑1 (MQ=12) ttttttCCGGCGGCCGGAGGCGGGGTCAACGCCCTATCCCGCCTAGGTTTATG‑TGCGGTTTGTTAGGCCTTATAAGCCCCACGGCGTCGCATCCGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCg < 1:947970/150‑1 (MQ=14) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGGAGGATGCGGCGGCATCGACTTTTCCGACGTACGGTTATGTTGCg > 1:565283/1‑150 (MQ=17) tttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGGAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt > 2:302045/1‑150 (MQ=255) tttACGGCGGCCGGTTGCGGCGTGACCGCCCTAGCCAGCCTACGGTTATGTTCGGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt < 2:2476916/150‑1 (MQ=17) tccGGCTGCCGGAGGCGCCGTGACCGCCCTATCAAGCCTCCGTTTATGTGCCGGTTTT‑TAGCCCTTAAAAGCCGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGt < 1:1795431/148‑1 (MQ=17) cGGCTGCGGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 2:4547727/150‑1 (MQ=255) ggCTGCGGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTG‑TTGGCATGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAgg < 2:3357879/150‑1 (MQ=17) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCt > 2:2753583/1‑150 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGGTTG‑TAGGCCTGAGAAAACGCACAGCCTCGCATCAGGCAACGGATGCCGGAGGCGGCGTAAACGCCGTGGACGTCCTACGGTTATGTGCGGGTTGTAGGCCt > 2:893769/1‑150 (MQ=25) cGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGTTTTG‑TCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:915094/150‑1 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCCGCCTACGGTTATGTTCCGGGTTG‑TTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATAAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTGATCCGACCTACGGTGATGTTCCGTGTGTAGGCCTGAt > 2:4128738/1‑150 (MQ=14) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCTTAGGTTTTTGTTCGGGTTTG‑TCGGCCTGATACGCCGCACAGCGTCGCATCCGGCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:1967331/150‑1 (MQ=14) gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGACGCATCAGGCAACGGCTCACGGAAGCGGCGAAAACGCCTGATCCGACCTACGGTAATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATaa > 1:2597885/1‑150 (MQ=14) tGCGGGGTTAACGCCATACCCAGCCTTGGGTTTTGTTCGGGTTGG‑TTGCCCTTATAAGACGCACCGCGTCGAAACTGGAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa < 1:328496/150‑1 (MQ=14) tGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa > 2:4478453/1‑150 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGTTAAGACGc > 2:4744792/1‑150 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATTCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCGGTTGAGACGctag > 1:1239581/1‑147 (MQ=14) gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca > 1:517453/1‑150 (MQ=255) gTGAACGCCATATCCAGCATAGGGTTATGTTCGGTTTTG‑TCGGCCTTATAAGACCCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGcaca < 1:1928185/150‑1 (MQ=14) gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGc < 2:4082564/150‑1 (MQ=255) aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGCTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 1:1781167/1‑150 (MQ=255) aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGt < 2:1898342/150‑1 (MQ=255) cGCCCTCTCCAGCCTACGGTTATGTGCCGGTTTG‑TAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 2:3297733/150‑1 (MQ=255) cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc > 2:2945173/1‑150 (MQ=255) cGCCCTAGCCAGCCTCGGTTTATTTTCGGTTTTG‑TAGGCCTCATAACACCCACCGCGTCGCATCCGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 1:2910250/150‑1 (MQ=14) gCCCTAGCCAGCCTAGGTTTATGTGCGGTTTTG‑TAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCACCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg < 2:3227722/150‑1 (MQ=14) gCCCTAACCAGCCTCGGTTTTTGTTCCGTTTTG‑TCGGCATGATAAGACGCACCGCGTCGCATCCGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg < 2:856947/150‑1 (MQ=14) tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 2:2706345/1‑150 (MQ=255) tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc > 1:2473208/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:3169735/150‑1 (MQ=40) ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg < 2:3435890/150‑1 (MQ=40) ctccGGTTATGTGCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACCGCGGCGCCTCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg < 2:4256159/147‑1 (MQ=11) cTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 1:2319605/1‑150 (MQ=37) cTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 1:4699513/1‑150 (MQ=37) tACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg > 1:4308082/1‑150 (MQ=37) aCGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGc > 1:3574059/1‑150 (MQ=37) gtttATGTTCGGTTTTG‑TTGGCCTTATATGACGCACTGCTTCGCATATGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTTTGTTCCTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCTTCGCATCAGGCAACGGCTg < 2:1482145/148‑1 (MQ=11) ggTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:2938171/1‑150 (MQ=37) gTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 1:2241655/1‑150 (MQ=37) gTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 1:3358298/1‑150 (MQ=37) tATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCg > 2:4137244/1‑150 (MQ=37) ttCCGGTTTT‑TTGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGAATATGGAAACGGCTGTGGGTTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGTTTTTGTACCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATg < 2:735929/150‑1 (MQ=11) ggTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGCCGGATgcggc > 2:3740003/1‑150 (MQ=17) ggTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcggc > 1:2048041/1‑150 (MQ=32) ttG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTa > 2:3191697/1‑150 (MQ=32) | TTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTG‑TAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACG > CP009273/3385338‑3385636 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |