| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,385,516 | A→T | 7.1% | intergenic (‑129/+301) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,516 | 0 | A | T | 7.1% | 775.6 / 4.0 | 299 | intergenic (‑129/+301) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (199/57); new base T (2/29); total (203/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG > CP009273/3385367‑3385663 | aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 1:1023240/150‑1 (MQ=255)aCTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa > 2:3997712/1‑150 (MQ=255) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGATGATTTTTTACTGCTGCCGGATGAGGCGTGAACGCCCTATCAAGACTACTGTTATGTTACGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCTTCGCATCAga > 1:2640745/1‑149 (MQ=37) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg > 1:887973/1‑150 (MQ=255) tACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc < 1:1634626/150‑1 (MQ=255) ccAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa > 1:2687945/1‑150 (MQ=255) tAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:4703768/1‑150 (MQ=255) aaGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGt > 1:2427870/1‑150 (MQ=255) aGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTc > 2:1329871/1‑150 (MQ=255) gACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGCCg > 1:614541/1‑150 (MQ=255) aCTCATCGTTTTTGCTCCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACgg > 2:1064309/1‑150 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgc > 1:212769/1‑150 (MQ=255) ctccTCGTTAGTTACGGCAGTAGAGCTTTTTTTACGGCGGCCGGATGCGGCGTCAACGCCCTATCCAGCCCAGGGTTTTGTGCCGGTTTGTCGGCCTTAAAAGACGCACCGCGTCGCATCTGGAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACg < 2:3404402/147‑1 (MQ=255) cTACTCGTTAGTTACTGCAGTTGTGTATTTTTTACGGCTGCGGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATTTTCGGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGCCGCACCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACg < 2:881372/150‑1 (MQ=37) tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGc > 2:3191328/1‑150 (MQ=255) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCt > 2:2230338/1‑150 (MQ=255) tCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:2113317/1‑150 (MQ=255) cGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 1:743214/1‑150 (MQ=255) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACATCGTCGCATCATGCAACGGATCACCGAGGCGGCGTAAACgaaatat > 2:1725686/1‑144 (MQ=21) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGATAGTAGGCCTGAGAACACGCAAATCCTCTCATCTTGCAACGGCTCTCGGAGGCGGCCTAAACGACttga > 2:9073/1‑148 (MQ=21) ttttttaCTGCAGTTTTGTATTTTTTCCGGCGGCCGGTGGCGGCGTGAACGCCCTATCCACCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGCCGCACCGCGTCGCAACAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:2908383/146‑1 (MQ=17) ttagttaCTGCAGTAGAGGTTTTTTTACGGGTGCCGGTGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:1428773/150‑1 (MQ=18) agttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:1269120/1‑150 (MQ=255) 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ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCG‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGAGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:1810285/1‑150 (MQ=255) gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 1:3358298/1‑150 (MQ=37) gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 1:2241655/1‑150 (MQ=37) tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCg > 2:4137244/1‑150 (MQ=37) tGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaa > 2:3298529/1‑150 (MQ=33) cTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:514247/1‑150 (MQ=35) cTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 1:951201/1‑150 (MQ=35) aGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCTTAAACGCCTTATCCGa > 1:2001457/1‑150 (MQ=37) aGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 1:4383595/1‑150 (MQ=37) aCGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc > 1:770295/1‑150 (MQ=37) cacaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GGTTGTTGGCCAGTTAAGAAGCACATAGTCTCAACAGGCCAGGGCTTCCGCAGGCGGCGTAAACGCCTTAGCAGACCTAc > 1:3945201/1‑150 (MQ=11) acaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 1:4434205/1‑150 (MQ=37) acaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCA‑GTTTGTAGGCCAGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAGGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTGATCAGACCTaag > 2:3218825/1‑148 (MQ=11) caGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCCACCAACGGGTATGTACC‑GTTTCTATGCCAGATAAGACGCACAGCGACGCAAAATGCACCGCCTGCCGGAAGCGCCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:2283973/1‑150 (MQ=11) ggttCGCATCTGGAAAGGGGTGTGGTTTGCGGCTTAACCGCCTAAACCGACCTA‑GGTTTTTTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATAAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:3936161/147‑1 (MQ=11) ttCGCATCTGGAAACGGCTGTCGGATGCGGCTTAAACGCCTTATCCGACCTACGTTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:4334827/149‑1 (MQ=11) tCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTCAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATg > 2:3057137/1‑150 (MQ=17) tCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg > 2:4199090/1‑150 (MQ=37) gCATCTGGCACCGGCTGTCGGAGGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAGGGTTTTGTTCG‑GTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 2:4633478/150‑1 (MQ=11) aTCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTct > 1:2166189/1‑149 (MQ=25) aTCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 2:3844679/1‑150 (MQ=38) tCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCG‑GTGTGTTGTCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTCAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGGTcgg > 2:4689120/1‑148 (MQ=11) | ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG > CP009273/3385367‑3385663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |