| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,396,554 | C→A | 6.6% | A46A (GCG→GCT) | csrD ← | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,396,554 | 0 | C | A | 6.6% | 974.3 / 34.7 | 256 | A46A (GCG→GCT) | csrD | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/124); new base A (7/10); total (122/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CGATAACTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATCCTTGTGTTAA > CP009273/3396405‑3396702 | gATAACTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCg < 1:4025417/150‑1 (MQ=255) gATAACTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCg < 1:1636675/150‑1 (MQ=255) gATAACTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCg > 1:1705033/1‑150 (MQ=255) aaCTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCa > 1:4728719/1‑150 (MQ=255) aaCTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCa > 2:2570541/1‑150 (MQ=255) aCTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCAc < 1:3479587/150‑1 (MQ=255) aCTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCAc < 1:2830803/150‑1 (MQ=255) cTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCAcc < 2:336716/150‑1 (MQ=255) 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aTCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCAt > 1:3081847/1‑150 (MQ=255) tCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATc > 1:2310454/1‑150 (MQ=255) cAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATcc > 2:4626253/1‑150 (MQ=255) aTCGCCGTAGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATCCtt < 1:1018643/150‑1 (MQ=255) tCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATCCTtg < 1:1772467/150‑1 (MQ=255) 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tCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATCCTTGTGTTaa > 2:1501559/1‑150 (MQ=255) tCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATCCTTGTGTTaa > 2:107650/1‑150 (MQ=255) | CGATAACTACCATTTCTGGCCAGGGTATAAACCTGTTTATCACCATGGAGCAGGTCTACACGAACGATATCTGCCGACATCATTAATTCGGTAATTTGTGGCCTTAATACGCTGAAGTCATTCGACACAAGGTGGGTATCAATCGCCGTCGCCACCGCCTGAACGCGATGACTAAACTTATACTGAATGGCGTTGTAGAAACTTAGCGAACAGCCCAGCAAAGTCACAAAAATTGTTAACCCGGTGAGCAGCGTAACAAAGGCCGAAAATTTCGTCGTTAATCTCATCCTTGTGTTAA > CP009273/3396405‑3396702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |