| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,409,403 | C→A | 16.0% | H338N (CAC→AAC) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,409,403 | 0 | C | A | 16.0% | 996.5 / 128.8 | 320 | H338N (CAC→AAC) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/142); new base A (29/23); total (155/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
CCTGGGGATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGT > CP009273/3409255‑3409552 | ccTGGGGATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCa > 1:731747/1‑150 (MQ=255) tGGGGATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACg > 1:3334786/1‑150 (MQ=255) ggggATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGa > 1:4138731/1‑150 (MQ=255) gggATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGACTGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGaa > 2:3913717/1‑150 (MQ=255) gATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGt < 2:4262053/150‑1 (MQ=255) gATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTAACGAAGt < 1:3806996/150‑1 (MQ=255) aTTAAGCTGGCAACCGGCGCGTATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACGGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTg < 2:1268722/150‑1 (MQ=255) tAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTAACGAAGTGGt > 2:1097480/1‑150 (MQ=255) tAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTAACGAAGTGGt < 2:700703/150‑1 (MQ=255) aaGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTa > 2:532517/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTa > 2:3824223/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTaa < 1:1999613/150‑1 (MQ=255) gCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTaaa < 2:2943573/150‑1 (MQ=255) aaCCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCt < 1:4169957/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGTAATTAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGt < 1:41903/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTAACGAAGTGGTAAAAACGCTGt < 1:29165/150‑1 (MQ=255) cGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGtt > 1:1876450/1‑150 (MQ=255) ggCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTc < 1:2545102/150‑1 (MQ=255) aaTGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGcc > 1:4605066/1‑150 (MQ=255) aTGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCa > 1:2768471/1‑150 (MQ=255) aTGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCa > 1:4316567/1‑150 (MQ=255) tGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCAt > 2:3678753/1‑150 (MQ=255) gCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCAtt > 2:4038447/1‑150 (MQ=255) 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ttATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGtgtt < 1:1203644/150‑1 (MQ=255) ttATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGtgtt < 1:1204499/150‑1 (MQ=255) aTGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGtgttgt < 2:3989630/150‑1 (MQ=255) tGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTgttgtt > 1:2454043/1‑150 (MQ=255) gACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTa < 2:2704372/150‑1 (MQ=255) caccacGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAgg < 2:3327065/150‑1 (MQ=255) caccacGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAgg > 1:949640/1‑150 (MQ=255) cacGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGAc > 2:2344863/1‑150 (MQ=255) cGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGt > 1:3249552/1‑150 (MQ=255) ccATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGttt < 1:3403098/150‑1 (MQ=255) tCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCa < 2:4517457/150‑1 (MQ=255) cGTCCAGCTTTCTATTAACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCAt > 1:802654/1‑150 (MQ=255) cGTCCAGCTTTCTATTAACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTGTGCCAt > 1:802468/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATc < 2:1706466/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATcc < 1:2132736/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTTCTATTCACGCAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCt < 1:1736348/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCt < 1:3056770/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTTCTAGTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCt < 2:3334786/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTc > 2:2646172/1‑150 (MQ=255) tCTATTAACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCt < 1:1097514/150‑1 (MQ=255) aTTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCtttt > 2:2333781/1‑150 (MQ=255) ttCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTg > 1:3313615/1‑150 (MQ=255) | CCTGGGGATTAAGCTGGCAACCGGCGCGAATGCTCTCGATACCGCGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGT > CP009273/3409255‑3409552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |