| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,469,906 | 0 | T | A | 7.0% | 632.5 / 2.3 | 219 | intergenic (‑107/+60) | yheO/fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (121/69); new base A (19/3); total (147/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
AATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATG‑AAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTCACATCCAGCAGCTCTACGTC > CP009273/3469757‑3470055 | aaTCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATG‑AAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTACAGCACt > 2:2559757/1‑150 (MQ=255) cAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATG‑AAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCACGCTCATTAATGATTCGGGTAACTAAATTAAAACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACAAAta > 2:519174/1‑149 (MQ=255) aaCTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATG‑AAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATta < 1:2222247/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |