Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,525,232 | T→A | 10.4% | L189F (TTA→TTT) | yhgE ← | DUF4153 family putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,525,232 | 0 | T | A | 10.4% | 706.1 / 9.1 | 235 | L189F (TTA→TTT) | yhgE | DUF4153 family putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/141); new base A (29/3); total (91/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGC‑GTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGTAATATAAGTACGTTATG > CP009273/3525083‑3525381 | tAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTa < 1:4250619/150‑1 (MQ=255) aaaCGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTaa < 1:4362187/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGGGTGATGTTAAACATCAGGGTTAGATATGATACTAACGGCATCAACCACTTGGCGATTAACGTTAACAACTTTTTAATTGAGTCTATTATACGTGTCTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGACAGCGCGGTAACCAGACCTAACg < 2:3649601/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACg < 2:4265758/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTTAACGGGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGGAACCCGACCAAACGt > 2:3257092/1‑150 (MQ=255) cGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACAGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCCGCGCGGTAACCCGACCAAACGt > 2:884209/1‑150 (MQ=255) ggCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTg < 1:2511716/150‑1 (MQ=255) ggCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCCCCAGCGCGGTAACCCGACCTAACCTg > 1:2722836/1‑150 (MQ=255) 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ccTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGC‑GTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGTAATATAAGTACGTTa < 2:3830071/150‑1 (MQ=255) tAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGC‑GTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCCGTAATATAAGTACGTTATg > 1:831778/1‑150 (MQ=255) | GTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGC‑GTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGTAATATAAGTACGTTATG > CP009273/3525083‑3525381 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |