| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,595,522 | C→A | 18.6% | D196Y (GAC→TAC) | ftsE ← | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,595,522 | 0 | C | A | 18.6% | 881.3 / 154.1 | 307 | D196Y (GAC→TAC) | ftsE | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/135); new base A (26/31); total (141/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
CCGACCGATTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCAA > CP009273/3595373‑3595671 | cgaTTGACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCg < 1:3987067/150‑1 (MQ=255) aTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGtt < 2:136938/150‑1 (MQ=255) aTTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGtt < 2:2512305/150‑1 (MQ=255) ttACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGc > 1:1630354/1‑150 (MQ=255) tACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGcc > 2:2921242/1‑150 (MQ=255) tACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGcc > 1:673602/1‑150 (MQ=255) aCGGAAGCGAGCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCa < 1:1591903/150‑1 (MQ=255) aaGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCaa < 1:1822192/150‑1 (MQ=255) gATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACg > 2:3177411/1‑150 (MQ=255) aTCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACgg > 1:2685621/1‑150 (MQ=255) tCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTTATTGCATAGCGCTTATTCATGGCACACGACTCAATGCAAGTGACCATCGCTCTGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGt < 1:1010082/150‑1 (MQ=255) cAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGtt > 1:1285531/1‑150 (MQ=255) aaGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTa < 1:3430160/150‑1 (MQ=255) aaGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTa < 1:4210518/150‑1 (MQ=255) aaGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCAGGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTa < 1:2206366/150‑1 (MQ=255) aGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTAc > 2:3899729/1‑150 (MQ=255) aGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTAc > 2:1704279/1‑150 (MQ=255) cgcccgccAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCCTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTAcccc < 2:761950/150‑1 (MQ=255) 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aaTATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCtt < 1:2512717/150‑1 (MQ=255) atGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCaa < 2:3616403/150‑1 (MQ=255) tgattgatTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCaaa < 1:2877630/150‑1 (MQ=255) attgattgCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACa < 2:3278873/150‑1 (MQ=255) attgattgCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACa < 2:4357376/150‑1 (MQ=255) attgattgCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACa < 2:4602736/150‑1 (MQ=255) gattgCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGAc > 2:4524792/1‑150 (MQ=255) gattgCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGAc > 2:4311084/1‑150 (MQ=255) attgCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACg > 1:4653152/1‑150 (MQ=255) attgCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACg > 1:1229574/1‑150 (MQ=255) 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gCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTa < 1:1570205/150‑1 (MQ=255) cATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTAc < 2:736721/150‑1 (MQ=255) cATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTAc > 1:3583095/1‑150 (MQ=255) aTGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTAcc > 1:115405/1‑150 (MQ=255) aTGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTAcc > 1:4176692/1‑150 (MQ=255) aTGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTAcc > 1:3887047/1‑150 (MQ=255) aTGCGAGAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTAcc < 1:3272390/150‑1 (MQ=255) gATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCgg > 1:1985301/1‑150 (MQ=255) aGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCt < 2:2802815/150‑1 (MQ=255) aGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCt > 1:1115729/1‑150 (MQ=255) ggAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCtt < 2:874882/150‑1 (MQ=255) gAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTg < 2:4069564/150‑1 (MQ=255) cgccgcGAGATCAGGTTGATGTAGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTc > 2:1034981/1‑150 (MQ=255) cgAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTcaccac > 1:2628196/1‑150 (MQ=255) gTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCGTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGc < 2:2742639/150‑1 (MQ=255) ttGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCa > 1:364906/1‑150 (MQ=255) gATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAAt < 2:3527578/150‑1 (MQ=255) gATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAAt < 2:2436592/150‑1 (MQ=255) gATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAAt < 1:1410678/150‑1 (MQ=255) gTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGcc > 1:3385494/1‑150 (MQ=255) cGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCaa < 1:3493333/150‑1 (MQ=255) cGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCaa > 1:3175982/1‑150 (MQ=255) | CCGACCGATTTACGGAAGCGATCAAGACGCCCGCCAAACTGCCGAATATGATTGATTGCATCGCGCTTATTCATGGCCCACGCCTCCATGCAAGTGACCATCGCTCAGGGTGAGCATGCGATAGGAACGCCGCGAGATCAGGTTGATGTCGTGCGTTGCCATCAATACGGTTACCCCAACGCGGTTAAACTCTTCAAACAGACGTAAAATGCCTTCCGACAGCGCGTCGTCCAGGTTACCAGTCGGTTCGTCCGCCAGCAGTACCGCGGGCTTGTTCACCACCGCGCGGGCAATGCCAA > CP009273/3595373‑3595671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |