| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,654,444 | A→T | 5.0% | Q224L (CAG→CTG) | mdtF → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,654,444 | 0 | A | T | 5.0% | 725.7 / 5.7 | 224 | Q224L (CAG→CTG) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (143/60); new base T (3/10); total (146/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.13e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CGTACAACTCTTTGGTTCCGAGTATGCCATGCGTATCTGGCTGGACCCGCAAAAACTCAATAAATATAACCTGGTACCTTCCGATGTTATTTCCCAGATTAAGGTGCAAAACAACCAGATTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCGAACTTGGGGCGGAA > CP009273/3654295‑3654592 | cGTACAACTCTTTGGTTCCGAGTATGCCATGCGTATCTGGCTGGACCCGCAAAAACTCAATAAATATAACCTGGTACCTTCCGATGTTATTTCCCAGATTAAGGTGCAAAACAACCAGATTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCcaca > 1:2345850/1‑150 (MQ=255)cGTACAACTCTTTGGTTCCGAGTATGCCATGCGTATCTGGCTGGACCCGCAAAAACTCAATAAATATAACCTGGTACCTTCCGATGTTATTTCCCAGATTAAGGTGCAAAACAACCAGATTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCcaca > 1:2745861/1‑150 (MQ=255) gTACAACTCTTTGGTTCCGAGTATGCCATGCGTATCTGGCTGGACCCGCAAAAACTCAATAAATATAACCTGGTACCTTCCGATGTTATTTCCCAGATTAAGGTGCAAAACAACCAGATTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAg < 1:3484425/150‑1 (MQ=255) 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cAGATTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGtgctgctg > 1:2333085/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGt > 1:1605342/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGt > 1:3596563/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGt > 1:1202665/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGGTGGACAA‑CTGGGGGGCATGCCACAGGCGGCAGACCACCAGCAAACCCCCTCGATAATTGTGCAGACGCTTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGt < 2:2103970/150‑1 (MQ=255) ttCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACTGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGa > 1:1026603/1‑150 (MQ=255) ggtggtAAC‑GTGGGGGGCATGCCACCGGCGGCACACCAGCACCTAACCCCCTCGAACTTTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGtc < 1:3938352/150‑1 (MQ=255) tggtCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGtcgc > 1:367678/1‑150 (MQ=255) gtCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGtcgctc > 2:3938600/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTc > 2:3501084/1‑150 (MQ=255) tGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCg > 1:4715677/1‑150 (MQ=255) gggggggCAGGCCCCCGGCGGCAGACCCGCCGCAACCCGCCTCGATCTGTGGGCCGCCGCGGCGCCACACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCg < 1:4662714/149‑1 (MQ=255) ggactGCCACTGGCGGACGCCCAGCAGATAACCGCCTCTATCATTGGGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCGAACtt < 1:2545980/146‑1 (MQ=255) ggCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCGAACtt < 2:1898198/150‑1 (MQ=255) ggCATCCCCCCGGCGTCACACCCGCAGCTAAACGCCTCGATATTGGTCCAGACGCTCCGCCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCGAACtt < 1:1235122/150‑1 (MQ=255) cATGCCACAGGCGGCAGCCCAGCTGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCGAACTTgg < 2:2344964/150‑1 (MQ=255) ttGCCACGGGCGGCAGACCTGCAGATAACCGCCTCGATCTTTGTGCCTCCGGTTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCGAACTTggg < 1:1764636/149‑1 (MQ=255) | CGTACAACTCTTTGGTTCCGAGTATGCCATGCGTATCTGGCTGGACCCGCAAAAACTCAATAAATATAACCTGGTACCTTCCGATGTTATTTCCCAGATTAAGGTGCAAAACAACCAGATTTCCGGTGGTCAA‑CTGGGTGGCATGCCACAGGCGGCAGACCAGCAGCTAAACGCCTCGATCATTGTGCAGACGCGTCTGCAAACGCCGGAAGAATTTGGCAAAATCCTGTTGAAAGTTCAGCAAGATGGTTCGCAAGTGCTGCTGCGTGATGTCGCTCGCGTCGAACTTGGGGCGGAA > CP009273/3654295‑3654592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |