| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,696,812 | C→A | 6.7% | D133Y (GAC→TAC) | dppD ← | dipeptide/heme transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,696,812 | 0 | C | A | 6.7% | 1395.8 / 47.8 | 370 | D133Y (GAC→TAC) | dppD | dipeptide/heme transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (138/205); new base A (17/10); total (155/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
GGTGGTCGGTTCATCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCACTTCGGCACCCACCAGGTTGCGGC > CP009273/3696663‑3696961 | ggtggtCGGTTCATCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTc > 2:4674826/1‑150 (MQ=255) gtggtCGGTTCATCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCa < 2:1457401/150‑1 (MQ=255) gtggtCGGTTCATCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCa < 2:3625194/150‑1 (MQ=255) 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cATCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTAAATcgctcgct > 2:635942/1‑150 (MQ=255) aTCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTAAATCGCTCGCTg > 1:4271902/1‑150 (MQ=255) tCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGa < 2:4028640/150‑1 (MQ=255) gCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGAcgg > 2:3335031/1‑150 (MQ=255) aTCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGAcggcgg > 2:3183454/1‑150 (MQ=255) 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gAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCa < 2:2495175/150‑1 (MQ=255) gAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCAGAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCa < 2:444389/150‑1 (MQ=255) aTACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCACt > 1:4696540/1‑150 (MQ=255) cGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCACTTCgg > 1:4589444/1‑150 (MQ=255) cTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCACTTCGGcacc > 1:1325279/1‑150 (MQ=255) 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agGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCACTTCGGCACCCACCAGGTTg > 1:4068261/1‑150 (MQ=255) cAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCACTTCGGCACCCACCAGGTTgcggc < 2:3247034/150‑1 (MQ=255) | GGTGGTCGGTTCATCGGCAATCAGCAGTTTTGGCCGACAGGCAATCGCCATGGCGATCATCACGCGCTGGCTCATGCCGCCGGAAAGCTGATGCGGGTAAACATCCAGACGCGATGCCGGATCGGGAATACCGACCTGATTCAGCAGGTCAATCGCTCGCTGACGGCGGGTACTTTTGTTGCCGCCCTGATGCACCTTAATCGCTTCCATAATCTGGAAACCCACGGTGTAGCACGGGTTAAGGCTGGTCATCGGGTCCTGGAAGATCATCGCCACTTCGGCACCCACCAGGTTGCGGC > CP009273/3696663‑3696961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |