| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,744,506 | C→A | 7.8% | G241G (GGG→GGT) | yiaT ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,744,506 | 0 | C | A | 7.8% | 1175.3 / 53.6 | 314 | G241G (GGG→GGT) | yiaT | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (175/114); new base A (12/13); total (187/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
AAGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGC > CP009273/3744357‑3744655 | aaGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCAcc > 1:3800024/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCAcccc > 2:1028226/1‑150 (MQ=255) aaGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGt > 2:435613/1‑150 (MQ=255) 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aCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATa > 2:1235218/1‑150 (MQ=255) aCGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATa > 2:1473584/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAgg > 1:4591809/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAgg > 2:1931568/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAgg > 1:4591708/1‑150 (MQ=255) cAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGc < 1:2190177/150‑1 (MQ=255) cAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGc > 2:1286246/1‑150 (MQ=255) gCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAc < 2:327940/150‑1 (MQ=255) tCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAccc > 1:200347/1‑150 (MQ=255) tCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCAccc > 1:425512/1‑150 (MQ=255) cACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCa < 2:549522/150‑1 (MQ=255) cACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCa < 2:704070/150‑1 (MQ=255) | AAGGCAAGGGATTGTTCAGCCATAAGATCCTGATTCAGACGCCAGGTTCCCGGTATGAACAGAGCAATCCAGAGCAACAACCTTTGTGGCATTACGACGGAGCACCAGCCGCACCGACATCCACCGGTGAATTAAAAACGCCAGCTCACCCCGGTGACAAAGGTAAAACTCTCATTACGATCAATCATCGGGCTGTCGGTAATCTCTTCCGGCAGCTCGCTGTATCCTGCGCTCGCCATCAATACGACGTGCTCTCCTATCGGGTATTTTGCCGTCAGGCTGACATAGGGCACCCAGGC > CP009273/3744357‑3744655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |