Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,785,915 | G→T | 100% | intergenic (‑4/+271) | kbl ← / ← yibB | glycine C‑acetyltransferase/YibB family protein, function unknown |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,785,915 | 0 | G | T | 95.2% | 640.0 / 20.1 | 188 | intergenic (‑4/+271) | kbl/yibB | glycine C‑acetyltransferase/YibB family protein, function unknown |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/7); new base T (52/126); total (54/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
ACAAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAACACTTCTGCAAAATTCAGGATAAATAACGTGTAACTTGATGTCTCTCAACACCTACAGATAGTAGAAAAACTGTA > CP009273/3785768‑3786060 | acaAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTAt < 2:2334540/150‑1 (MQ=255) acaAAAGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTAt < 2:4715512/150‑1 (MQ=255) aaaGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATtct < 1:291059/150‑1 (MQ=255) aaaGTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAAGGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATtct < 1:1601739/150‑1 (MQ=255) gTTAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCa < 2:81941/150‑1 (MQ=255) ttAATGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAg < 1:1540870/150‑1 (MQ=255) tGACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCTAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATAGCTATTCTCCAGACAg > 1:3659590/1‑150 (MQ=255) gACGTGGCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAgg > 2:595986/1‑150 (MQ=255) gCTTCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAAt < 1:675515/150‑1 (MQ=255) ttCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACTTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCAAGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTc < 2:4697838/150‑1 (MQ=255) ttCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTc < 2:4697833/150‑1 (MQ=255) tCCATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTcc < 1:3764879/150‑1 (MQ=255) ccATCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCa < 1:484454/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGc > 1:2383369/1‑150 (MQ=255) aTCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGc > 1:2382634/1‑150 (MQ=255) tCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGca < 1:3804039/150‑1 (MQ=255) tCAGCCACAGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGca > 1:2812070/1‑150 (MQ=255) cacaGTGATATCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACatat < 1:1545724/150‑1 (MQ=255) 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atatCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCaa > 1:2522363/1‑150 (MQ=255) atCTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCGATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAAc > 2:2448032/1‑150 (MQ=255) cTGCTTGCTGCGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACtt < 1:1102843/150‑1 (MQ=255) gctgcGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGt < 1:439532/150‑1 (MQ=255) gctgcGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGt < 2:2756895/150‑1 (MQ=255) gctgcGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGt < 1:1554070/150‑1 (MQ=255) ctgcGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTc < 1:2874080/150‑1 (MQ=255) ctgcGCAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTc < 1:508456/150‑1 (MQ=255) cgcAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTcgcg > 2:4028975/1‑150 (MQ=255) cgcAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTcgcg > 2:531165/1‑150 (MQ=255) cgcAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTcgcg > 2:891601/1‑150 (MQ=255) gcAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGcga < 1:2949144/150‑1 (MQ=255) gcAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGcga < 1:576779/150‑1 (MQ=255) gcAGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGcga > 1:3482100/1‑150 (MQ=255) cAGACGTAATAACGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGcgac < 2:2741268/150‑1 (MQ=255) aGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGcgacg > 1:657937/1‑150 (MQ=255) aGACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCGTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGcgacg < 2:4008713/150‑1 (MQ=255) gACGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGcgacga > 2:4298230/1‑150 (MQ=255) aCGTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACgag < 2:3043014/150‑1 (MQ=255) gTAATAATGCGCTCTTCTTTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGAt < 2:4390391/150‑1 (MQ=255) 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cttcttTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAacac < 1:1677449/150‑1 (MQ=255) cttcttTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAacac > 2:450871/1‑150 (MQ=255) ttcttTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAACACt < 1:235381/150‑1 (MQ=255) ttcttTAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAACACt < 1:235628/150‑1 (MQ=255) tttAAACAACCCTTCCGCCCGTGCGGTTTCCAGATCGTTGGTTAACTGCTGATAAAATTCTCCACGCATTGCTATTCTCCAGACAGGGCAAATTCCAGCACATATTACCCAAACTTATAGGTCGCGACGAGATAACGCGTTAACACTTCt < 1:746536/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |